2つのvcfファイルがあります。 1つはTP53突然変異を含むサンプルを含み、もう1つはTP53突然変異を含まないサンプルを含みます。突然変異のないvcfは対照であり、突然変異のあるvcfは条件です。 plink 1.9.0の--assoc関数で処理できるファイルにこれら2つのファイルを結合するにはどうすればよいですか？
ベストアンサー1
あなたが望むものは何であるかよくわかりませんが、必要なのは2つのファイルをマージすることです。 tabixを使用してインデックスを作成したら、次のことを試してください。
bcftools merge file1.vcf.gz file2.vcf.gz -o merged_files.vcf.gz
それから試してみましょう。
plink --vcf merged_files.vcf.gz --assoc [params]
これがあなたの質問に答えない場合は、入力が何であるか、出力VCFがどのように見えるべきかを簡単に説明してください。