パラメータが異なる行と列を含む巨大なcsvファイルを解析しています。ただし、一部のフィールドには、カンマを含む引用符の中に広範な説明が含まれています。引用符内のカンマを無視し、列の並べ替えと切り取りを選択する方法は？ quote-comma-quoteを区切り文字として追加しようとしましたが、エラー（無効な引数）が発生したか、バックスラッシュで引用符をエスケープしましたが、エラーも発生しました。
sort -k12 -t'","' file
または
cut -f 12 -d '","' file
ファイルの行の例:
"GFYZ01001952.1",99.606,"ASTG2327","PREDICTED: kinesin-like protein NACK1 [Elaeis guineensis]","--","centromeric protein E","Kinesin-like protein NACK1 OS=Arabidopsis thaliana GN=NACK1 PE=1 SV=1","Baculovirus polyhedron envelope protein, PEP, C terminus//Autophagy protein Apg6//Basic region leucine zipper//Protein of unknown function (DUF904)",0.005,3.2,3.5,0.00006
ベストアンサー1
CSVは構造化文書形式です。したがって、単純なテキスト操作ツールcut（データが単純でない場合、または）は、CSVファイルを安全かつ便利に処理するのに十分ではありません（フィールドに区切り文字と改行を含めることができますsort）sed。awk代わりに、CSVをサポートする処理ツールを使用することをお勧めします。ミラー（mlr）。
次のMillerコマンドは、ファイルをヘッダーなしのCSVファイルに解析し、12番目のフィールドに基づいて数値を昇順に並べ替えます。
mlr --csv -N sort -n 12 file
CSVデータにヘッダーがある場合は、その-Nオプションを削除して代わりにヘッダー名を使用してください12。
mlr --cvs sort -n pvalue file
列 12 を抽出するには、
mlr --csv -N cut -f 12 file
種類そして何が起こっても、私たちは最初の10の結果だけを得ます。
mlr --csv -N sort -n 12 then cut -f 12 then head -n 10 file
-N繰り返しますが、入力にヘッダーがある場合はそれを削除し、代わりにフィールド名を使用してください。
とともにcsvkitcsvsort次の結果を得るために使用できるツールキット：
csvsort -H -c 12 file | tail -n +2
（このtailコマンドは生成されたヘッダーを削除しますcsvsort）または入力のヘッダーを使用して
csvsort -c pvalue file
個々のフィールドを抽出するには、次のコマンドを使用しますcsvcut。
csvcut -H -c 12 file
結合するcsvsort：
csvsort -H -c 12 file | csvcut -c 12 | head -n +2
またはタイトルを使用して、
csvsort -c pvalue file | csvcut -c pvalue
コマンドがないため、csvhead結果は他の方法で10レコードに制限する必要がありますmlr --csv head -n 10。