大まかに言えば、NTFSジャンクションポイントそしてシンボリックリンクジャンクションはディレクトリのみを対象にできるのに対し、シンボリックリンクはファイルも対象にできるという点です。
両者の間には他にどのような違いがありますか?
（注：私はすでにこの質問そして私が求めているのはちょっと違います。その質問は賛否両論のリストを求めていますが、私は技術的な違いを求めています。
ベストアンサー1
シンボリック リンクにはより多くの機能がありますが、ジャンクションは制限があるため、ほとんどレガシー機能のように見えます。ただし、これらの制限のセキュリティ上の影響を考慮すると、ジャンクションがシンボリック リンクよりも優先される可能性があります。リモートターゲティングによりシンボリックリンクはより機能的になるが、セキュリティプロファイルも向上する。一方、ジャンクションはローカルパスに制限されるため、より安全である。したがって、ローカル リンクが必要で、絶対パスで問題ない場合は、ジャンクションを使用する方がよいでしょう。それ以外の場合は、追加機能のためにシンボリック リンクを検討してください。
*速度と複雑さの違いに関する記述は、NTFS 再解析ポイントに関する Wikipedia のエントリ（読み応えのある本です）。
**Windows 10 Creators Update以降、開発者モードを有効にして、NTFSシンボリックリンクの管理者制限を解除します。。
その他の NTFS リンクの比較
このトピックに関する他の比較がいくつかありますが、これらは、私が上で挙げた利点を列挙していないため、ジャンクションを検討するときに誤解を招く可能性があります。
ここから引用（入門書として最適）
用語に関するコメント
ジャンクションは再解析ポイントです（シンボリックリンクとして記述されることもあります）
NTFS ジャンクションと NTFS シンボリック リンクは、前述の処理方法の違いを除けば、実際には同じことを同じ方法で実行します (再解析ポイント)。実際、技術的には、ジャンクションはより一般的な意味での「シンボリック リンク」であり、ドキュメントではジャンクションをシンボリック リンクと呼ぶことがあります。ここでもそうだこのような場合、「シンボリック リンク」はジャンクションとは異なる NTFS シンボリック リンクを意味するものではありません (以下を参照)。
NTFS
OP がこれを指定しているにもかかわらず、「シンボリック リンク」は NTFS に固有のものではない非常に一般的な用語であることを指摘しておく価値があります。したがって、具体的には、この比較は NTFS ジャンクションと NTFS シンボリック リンクに関するものです。