ベッドツールを使用してベッドをベッドに数回変換

ベッドツールを使用してベッドをベッドに数回変換

10個の.bamファイル(生物情報形式)があり、それを10個の.bedファイルに変換したいのですが、この変換には特別なコマンドを使用する必要があります。

bedtools bamTobed -i (input file) > output file.bed

ベストアンサー1

あなたの質問は明確ではありませんが、このシェルコマンドは役に立ちます。

for x in *.bam; do
    bedtools bamTobed -i "$x" >"${x%.bam}.bed"
done

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