次のコードがあります。
#!/bin/bash
while read line
do
echo "line" $line
if [[ -d ../Results/${line}_Forward && -d ../Results/${line}_Reverse ]]
then
cd ../Results/COMBI
mkdir ./${line}_COMBI
cd ..
for (( win = 2; win < 20; win += 2 )); do
printf 'The value of win is %d, now entereing inner loop\n' "$win"
for (( per = 50; per < 100; per += 2 )); do
printf 'Value of per is %d\n' "$per"
merger -asequence ./${line}_Forward/${line}_Forward_Trimmed_w${win}_p${per}.fa -bsequence ./${line}_Reverse/REV_COMP/${line}_Reverse_Trimmed_w${win}_p${per}_RevComp.fa -outseq ./COMBI/${line}_COMBI/${line}_w${win}_p${per}_COMBI.fa
done
done
else
echo $line "Forward or Reverse directory does not exist"
fi
done < ./Data_ORD.txt
スクリプトを実行すると、ifステートメントに含まれるすべての辞書は終了しますが、実際には終了します。 Data_ORD.txt の各行に対して、次の出力が表示されます。
line ORD0926
Forward or Reverse directory does not exist
最後のecho$line変数は印刷されません。変数やif文に問題があるようです。
最後のエコーで$lineが印刷されず、if文がディレクトリを認識しないのはなぜですか？
**.fa：DNA配列を含むプレーンテキスト形式のfasta形式。 **マージコマンド：EMBOSSパッケージ「European Molecular Biology Open Software Suite」に含まれています
ベストアンサー1
2つのディレクトリがあることを確認しています。その後、データファイルに含まれるコードを切り取る新しい変数を作成しました。 wth=echo ${line} cut -c 1-7
#!/bin/bash
while read line
do
echo "line" $line
wth=`echo ${line} | cut -c 1-7`
echo "wth" ${wth}
if [[ -d ../Results/${wth}_Forward && -d ../Results/${wth}_Reverse ]]
then
cd ../Results/COMBI
mkdir ./${wth}_COMBI
cd ..
for (( win = 2; win < 20; win += 2 )); do
printf 'The value of win is %d, now entereing inner loop\n' "$win"
for (( per = 50; per < 100; per += 2 )); do
printf 'Value of per is %d\n' "$per"
merger -asequence ./${wth}_Forward/${wth}_Forward_Trimmed_w${win}_p${per}.fa -bsequence ./${wth}_Reverse/REV_COMP/${wth}_Reverse_w${win}_p${per}_RevComp.fa -outfile none -outseq ./COMBI/${wth}_COMBI/${wth}_w${win}_p${per}_COMBI.fa
done
done
else
echo ${wth} "Forward or Reverse directory does not exist"
fi
done < ./Data_ORD.txt
これでスクリプトを実行できます。 $lineを変数として直接呼び出すことは、見えない空白があるかもしれないので、良い考えではないようです。