fastqファイルから最初の10個の読み取りヌクレオチドのみを選択しようとしています。
Input:
@RONSP:03887:07268
GTAGTTATCTGAAAGGATGCATGGGAAAATTTCAATATTTTTGTATCTGTTGAGGACTTTTTTGTGAGTGACTATATGGTCAATTTTGGAGGATTTGGTACTGAG
+
69;::5:<<<<<<3<5<<<;:67717<=0@@9;:5::;;;?-;::::;;;5=;;5:888777)79:::;A;;;<<<<<7<::5:;=/706:5:<=3;5;;;<;;:
@RONSP:09389:11828
GTGTGTCTCTGTTCAGTTTCTGCTTCCAGGATCTGTCTCTTGGTGAGAGTGTGGTCTTGAAGTCTCCCAGTATTATTTTATGAGGTGCAATGTGTGCTTTGATCTTTAGCAAAGTGTATTTAATGAATGTGGCTGCTCTTGCATTTAGAGCATAGACATTCAGAATTGAG
+
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Output:
@RONSP:03887:07268
GTAGTTATCT
+
69;::5:<<<
@RONSP:09389:11828
GTGTGTCTCT
+
8:::<<<<;<
ほとんどのツールは、読み取りの終わりからトリミングを開始します。ただし、読み取りの最初の10ヌクレオチドのみが必要です。
どんなアイデアにも感謝します。
ベストアンサー1
$ sed -E '/^[^@+]/s/^(.{10}).*$/\1/' fastq
@これは、またはで始まらないすべての行で交換を実行します+。置換は、行全体を行の最初の10文字にのみ置き換えます。
代替レシピ：
$ sed -E 's/^([^@+].{10}).*$/\1/' fastq