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RHEL 6へのANARCIのインストール

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RHEL 6へのANARCIのインストール

インストールしたいアナチRHEL 6から。 Python 2.7.7がインストールされています。ホームページからわかるように、ANARCIにはPython 2.6+とHMMER3が必要です。 anarci tar.gzをダウンロードして解凍しました。インストールする

python setup.py install --prefix=/tmp/anarci

ところで実行してみると/tmp/anarci/bin/ANARCI -hANAARCIというモジュールがないと出てきます。

この場合、HMMERの依存関係を指定する方法です。 ANARCIをインストールする方法は？

ベストアンサー1

返信ありがとうございます。あなたの提案は私にとって効果的でした。変更された唯一のことは、Python以降のサイトパッケージをPYTHONPATHに追加する必要があることです。

これで、PYTHONPATH=/tmp/anarci/lib/python/site-packages/:$PYTHONPATH をエクスポートすると操作が完了しました。

2017年5月29日月曜日午後6時53分Dunbarで、Jamesは次のように書きました。こんにちは Prashant,

返事が遅くてお詫び申し上げます。

anarci PythonモジュールはPYTHONPATH環境変数に存在し、hmmscanバイナリ（hmmer3の）はPATHになければなりません。

たとえば、まず bash シェルを使用して次を実行します。

エクスポート PYTHONPATH=/tmp/anarci/lib/python/:$PYTHONPATH エクスポートパス=/tmp/HMMER-3.1/binaries/:$PATH

その後: /tmp/anarci/bin/ANARCI

お役に立てば幸いです。さらに質問がある場合はお知らせください。

最高、ジェームズ

2017年5月29日15:13に、James Dunbarは次のように書きました。

---------- 転送されたメッセージ ---------- 送信者: Prashant Shete <​​[Eメール保護]> 日時：2017年5月22日 20:18 タイトル：抗体番号 - ANARCI インストール対象：[Eメール保護]

こんにちはジェームズ、

ANAARCIのインストールを試みました。http://opig.stats.ox.ac.uk/webapps/sabdab-sabpred/ANARCI.php

言ったように、Python 2.6+とHMMER3が必要です。 anarci tar.gzをダウンロードして解凍し、RHEL 6システムでpython setup.py install --prefix=/tmp/anarciを実行しました。

また、HMMER-3.1をダウンロードしてmakeを完了した後、プレフィックス/tmp/HMMER-3.1を使用してインストールしました。

しかし、/tmp/anarci/bin/ANARCIを実行すると、anarciというモジュールがないと思います。 HMMERの依存関係を指定していないためですか？では、どうすればよいですか？

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