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FASTQファイルからシーケンスラインを抽出する方法は？

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FASTQファイルからシーケンスラインを抽出する方法は？

以下に示すように、FASTQ形式のIlluminaシーケンスファイルがあります。

@ERR009148.2485 IL26_1382:7:1:224:616 length=36
ATCACATGCTCCTTGTTCTGCAGCTTGGTGCGGATG
+ERR009148.2485 IL26_1382:7:1:224:616 length=36
>>>>>>>>>>>>>>>>>>><>><>>>5>>->><->*
@ERR009148.2486 IL26_1382:7:1:914:59 length=36
AAAGAAGTAAAATAAGAAGGCAATGCTTGTGGAAGG
+ERR009148.2486 IL26_1382:7:1:914:59 length=36
.>>74::1>174151/7152313,3&003,00&2%2
@ERR009148.2487 IL26_1382:7:1:251:589 length=36
GCCATAAACACCCCAGCACCACATTCATCAGAAGGG
+ERR009148.2487 IL26_1382:7:1:251:589 length=36
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>8>>>>>>><;<>>7
@ERR009148.2488 IL26_1382:7:1:911:194 length=36
ATTGAGGTGGAGTAGATTAGGCGTAGGTAGAAGTAG
+ERR009148.2488 IL26_1382:7:1:911:194 length=36
<>>>=>>>>>>>=;<:>>7>==<<7;=67=/57/57

各レコードから元のシーケンスを抽出するだけです。sed これを達成するためにどのコマンドを使用できますか？

予想出力：

ATCACATGCTCCTTGTTCTGCAGCTTGGTGCGGATG
AAAGAAGTAAAATAAGAAGGCAATGCTTGTGGAAGG
GCCATAAACACCCCAGCACCACATTCATCAGAAGGG
ATTGAGGTGGAGTAGATTAGGCGTAGGTAGAAGTAG

ベストアンサー1

使用sed。

sed -En '/^[ATGC]+$/p' infile

使用grep:

grep -E '^[ATGC]+$' infile

使用awk:

awk '/^[ATGC]+$/' infile

これらのコマンドはすべて、文字セットのみを含む行を返しますA, C, T, G。

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