上記の2つのディレクトリにあるファイルをコピーして名前を変更します。

Question

私のソリューションのTLDRバージョンは次のとおりです。プロセス置換とコマンドを使用して、コピーdirnameコマンドbasenameへのターゲットパスを構築できます。

より詳細な説明は以下の通りである。

Bashループを使用しておおよその目的を実行する（非常に詳細な）スクリプトは次のとおりです。

#!/bin/bash

# copy_and_rename.bash
#
#   Copy multiple files 2 folders up and rename these files
#   to contain their parent directory as a prefix.
#

# Set internal field separator to handle spaces in file names
IFS=$'\n'

# Iterate over the list of file paths
for _file_path in $@; do

    # Get the file name
    _file_name="$(basename ${_file_path})"

    echo "${_file_name}"

    # Get the path to the target directory (two levels above the file)
    _target_directory_path=$(dirname $(dirname ${_file_path}))

    echo "${_target_directory_path}"

    # Get the parent directory of the target directory
    _parent_directory_path=$(dirname ${_target_directory_path})

    echo "${_parent_directory_path}"

    # Get the name of the parent directory
    _parent_directory_name=$(basename ${_parent_directory_path})

    echo "${_parent_directory_name}"

    # Construct the new file path
    _new_file_path="${_target_directory_path}/${_parent_directory_name}_${_file_name}"

    echo "${_new_file_path}"

    # Copy and rename the file
    echo "cp -i \"${_file_path}\" \"${_new_file_path}\""
    cp -i "${_file_path}" "${_new_file_path}"
    echo
done

もちろん、たくさん圧縮することもできますが、値を説明するためにこれを維持しました。

echoコメントや関連のない変数やステートメントなしの前のスクリプトは次のとおりです。

for _file_path in $@; do
    cp -i "${_file_path}" \
    "$(dirname $(dirname ${_file_path}))/$(basename $(dirname $(dirname $(dirname ${_file_path}))))_$(basename ${_file_path})"
done

非常に壊れやすく、エラー処理の面で多くのことはしません。また、デバッグ用のステートメントをいくつか残しているechoため、初めて実行するときにデバッグが実行される操作を確認し、正しく機能していることを確認できます。

テストするために、次のスクリプトを使用してファイルを作成しました。追加のテストに役立つ場合に備えて、ここに含めました。

#!/bin/bash

# create_test_files.bash

# Set internal field separator to handle spaces in file names
IFS=$'\n'

# Choose an prefix for the file paths
_prefix="/tmp"

# Create array of sample files
_sample_files=(
    "/samples/mydata1/RUN1/ID_date/PCR2/TIME1/F3.bam"
    "/samples/mydata2/RUN1/ID2_date4/PCR2/TIME7/F3.bam"
    "/samples/mydataxxx/RUN1/IDxxx_datexxx/PCR2/TIMExxx/F3.bam"
)

# Create directories and files
for _file in "${_sample_files[@]}"; do

    # Add the prefix to the path
    _path="${_prefix}${_file}"

    # Create parent directory
    mkdir -p "$(dirname ${_path})"

    # Create file
    touch "${_path}"
done

次のコマンドを使用して、ファイルが正しく作成されたことを確認しましたfind。

$ find /tmp/samples -type f

/tmp/samples/mydata1/RUN1/ID_date/PCR2/TIME1/F3.bam
/tmp/samples/mydata2/RUN1/ID2_date4/PCR2/TIME7/F3.bam
/tmp/samples/mydataxxx/RUN1/IDxxx_datexxx/PCR2/TIMExxx/F3.bam

次にスクリプトを次のように呼び出します。

bash copy_and_rename.bash \
/tmp/samples/mydata1/RUN1/ID_date/PCR2/TIME1/F3.bam \
/tmp/samples/mydata2/RUN1/ID2_date4/PCR2/TIME7/F3.bam \
/tmp/samples/mydataxxx/RUN1/IDxxx_datexxx/PCR2/TIMExxx/F3.bam

次に、次を使用してスクリプトが再び機能することを確認しますfind。

$ find /tmp/samples -type f

/tmp/samples/mydata1/RUN1/ID_date/PCR2/ID_date_F3.bam
/tmp/samples/mydata1/RUN1/ID_date/PCR2/TIME1/F3.bam
/tmp/samples/mydata2/RUN1/ID2_date4/PCR2/ID2_date4_F3.bam
/tmp/samples/mydata2/RUN1/ID2_date4/PCR2/TIME7/F3.bam
/tmp/samples/mydataxxx/RUN1/IDxxx_datexxx/PCR2/IDxxx_datexxx_F3.bam
/tmp/samples/mydataxxx/RUN1/IDxxx_datexxx/PCR2/TIMExxx/F3.bam

最後に、以下を使用してすべてのテストファイルを削除しましたfind。

find /tmp/samples -type f -exec rm {} \;

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