「ファイル「/run/user/1000/dconf/user」を作成できませんでした。権限が拒否されました」というメッセージが表示されました。

私はGNU / Linux Mint 18.2（Ubuntu 16.04ベース）を使用しています。最近、いくつかのGUIアプリケーション（meldなど）を起動すると、次のエラーメッセージが数回繰り返され始めました。

unable to create file '/run/user/1000/dconf/user': Permission denied.  dconf will not work properly.

これで所有権を手動で変更することでこの問題を解決できますが、/run/user/1000/dconf/userこれは不都合なハッキングであり、確かに信頼できません。

このエラーが表示されるのはなぜですか、それを防ぐための「正しい方法」（存在する場合）は何ですか？