パッケージ化されコンパイルされたアプリケーションは共存します。

オペレーティングシステム：Linux Mint 18 Cinnamon 64ビット。

次のアプリケーションのパッケージバージョンをインストールしたので：

file-roller

これはArchive Managerです。コンパイルされたバージョンもインストールされており、コンパイルされたバージョンが優先的に適用されることを確認したいと思います。

Archive Managerという2つのメニュー項目があります。

/usr/share/applications/file-roller.desktop
/usr/share/applications/org.gnome.FileRoller.desktop

おそらくそれらの1つを削除することができます。

which file-roller

説明する：

/usr/local/bin/file-roller

これは私のコンパイルされたバージョンです。

file-roller 3.27.0, Copyright © 2001-2012 Free Software Foundation, Inc.

しかし、まだパッケージのバージョンがあります。

file-roller 3.16.5, Copyright © 2001-2012 Free Software Foundation, Inc.

たとえば、GUIでZIPファイルを開くように要求すると、コンパイルされたバージョンが表示され、それが一貫して動作することを確認したいと思います。

パッケージのバージョンを削除してみました。

sudo apt-get purge file-roller

結果：

[sudo] password for vlastimil: 
Reading package lists... Done
Building dependency tree       
Reading state information... Done
The following packages were automatically installed and are no longer required:
  librpm3 librpmio3 lzop rpm-common rpm2cpio
Use 'sudo apt autoremove' to remove them.
The following packages will be REMOVED:
  file-roller* mint-meta-cinnamon* nemo-fileroller*
The following held packages will be changed:
  file-roller
0 upgraded, 0 newly installed, 3 to remove and 0 not upgraded.
After this operation, 2,048 kB disk space will be freed.
Do you want to continue? [Y/n] n
Abort.

ご覧のとおり、以下が削除されます。

mint-meta-cinnamon

そして

nemo-fileroller

足の裏を除いてfile-roller。

だから誰かが進む方法を教えてくれるまでパッケージを保留にしました。