まずはそうはわかりませんがクラスそうなんだからごめんなさい。
この *.desktop ファイルを開く必要があります。gnuplot
#!/usr/bin/env xdg-open
[Desktop Entry]
Version=1.0
Type=Application
Terminal=false
Icon=/home/gabo/Pictures/icon.svg
Exec=mate-terminal -x gnuplot
Name=GNUplot
完璧に動作します。ただし、アプリケーションが端末で実行されるため、私のショートカットgnuplotと他の端末のウィンドウクラス（およびアイコン）は同じです。
スクリーンショットでは、* .desktopファイルとターミナルエミュレータが開いていて、Windowsボタンがグループ化されていることがわかります。
ウィンドウボタンでどのように区別できますか？