Bashを使用してファイル拡張子を削除する

ファイル拡張子を削除しようとしましたが、時には.2が.1または.3に./m161016_023529_42229_c101105162550000001823259804261747_s1_p0.2.bax.h5なりました。./m161016_023529_42229_c101105162550000001823259804261747_s1_p0.2

これはバッシュコードです：

#!/bin/bash

for i in $(ls -d /work/waterhouse_team/All_RawData/Each_Cell_Raw/RSII_SMRT*/Analysis_Results);
do
  cd $i
  baxs=($(find . -type f -name "*.bax.h5"))

  cat <<EOF
  #qsub <<EOF
#!/bin/bash -l

#PBS -N bax2bam
#PBS -l walltime=150:00:00
#PBS -j oe
#PBS -l mem=50G
#PBS -l ncpus=4
#PBS -M [email protected]
##PBS -m bea

source /work/waterhouse_team/apps/pacbio/setup-env.sh
cd $i;

bax2bam ${baxs[@]} -o ${baxs[0]%%.bax.h5} --subread

EOF

done

これはbash出力です：

  #qsub <<EOF
#!/bin/bash -l

#PBS -N bax2bam
#PBS -l walltime=150:00:00
#PBS -j oe
#PBS -l mem=50G
#PBS -l ncpus=4
#PBS -M [email protected]
##PBS -m bea

source /work/waterhouse_team/apps/pacbio/setup-env.sh
cd /work/waterhouse_team/All_RawData/Each_Cell_Raw/RSII_SMRT72/Analysis_Results;

bax2bam ./m161014_135413_42229_c101104702550000001823259804261737_s1_p0.1.bax.h5 ./m161014_135413_42229_c101104702550000001823259804261737_s1_p0.2.bax.h5 ./m161014_135413_42229_c101104702550000001823259804261737_s1_p0.3.bax.h5 -o ./m161014_135413_42229_c101104702550000001823259804261737_s1_p0.1 --subread

  #qsub <<EOF
#!/bin/bash -l

#PBS -N bax2bam
#PBS -l walltime=150:00:00
#PBS -j oe
#PBS -l mem=50G
#PBS -l ncpus=4
#PBS -M [email protected]
##PBS -m bea

source /work/waterhouse_team/apps/pacbio/setup-env.sh
cd /work/waterhouse_team/All_RawData/Each_Cell_Raw/RSII_SMRT73/Analysis_Results;

bax2bam ./m161016_023529_42229_c101105162550000001823259804261747_s1_p0.2.bax.h5 ./m161016_023529_42229_c101105162550000001823259804261747_s1_p0.3.bax.h5 ./m161016_023529_42229_c101105162550000001823259804261747_s1_p0.1.bax.h5 -o ./m161016_023529_42229_c101105162550000001823259804261747_s1_p0.2 --subread

私が逃したものは何ですか？

事前にありがとう