2つのファイルを比較し、その結果を検索します。

2つのファイルを比較し、その結果を検索します。

2つのファイルがあります。ファイル1には以下が含まれています

470.2843    organism AR_0036     123    Intermediate
470.2845    organism AR_0033    456 Susceptible
903909.3    organism Naval-83   789 Resistant

file2 には以下が含まれます。

123
456
abc
def
789

私の出力は次のようになります。 file2 の値が file1 と一致しない場合、Perl は出力ファイル内の対応する行を空白のままにし、一致する場合は出力ファイル内の一致する行に対応するデータを出力します。

#!/usr/bin/perl
my $file1 = '/Users/apple/Desktop/ncbi_ab_data/new_file1';
my $file2 = '/Users/apple/Desktop/ncbi_ab_data/new_file2';
open my $fh1, '<' , $file1;
while (<$fh1>){
    chomp;
    my @file1 = split('\t', $_ );

        #print "$file1[0]\t";
        #print "$file1[1]\t";
        #print "$file1[2]\t";
        #print "$file1[3]\t\n";

    open my $fh2, '<' , $file2;
    while (<$fh2>){
    chomp;
    my @file2 = split('\t', $_ );
    #if ($file2[0] == $file1[2])
    #print "$file2[0]\n";
    if ($file2[0] = $file1[2]){
        print "$file2[0]";
        print "\t$file1[3]\n";

    }
    #print "$file1[0]\n";
    #print "$file2[1]\n";
    #print "$file2[2]\n";
    #print "$file2[3]\n";
    #print "$file2[4]\n";
    }
}

このコードを書いていますが、うまくいきません。

ベストアンサー1

マッチングは、結合(file1のフィールド4とfile2のフィールド1を印刷して一致させるために使用されます)とソート(それぞれfile1とfile2のフィールド4とフィールド1に順序付けられた入力データを生成するために使用されます)を使用して実行されます。できます。

 join -o 2.1,1.3 -1 4 -2 1 <(sort -k 4 file1) <(sort -k 1 file2)

サンプルデータを使用して生成されます。

 123 AR_0036
 456 AR_0033
 789 Naval-83

あなたのスクリプトに関して、インデックス2

 if ($file2[0] = $file1[2]){

間違った。

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