ファイルをコピーしたいのですが、そのファイルやディレクトリがないと思います。

あなたはすでにDesktopそのディレクトリ内にあり、そのディレクトリには他のディレクトリが含まれていませんDesktop。

同じディレクトリにコピーを作成する場合は、名前を変更する必要があります。たとえば、次のようになります。

cp ~/Desktop/new.txt ~/Desktop/new1.txt