NGSデータで見つかったバリアントに基づいて、あるコドンシーケンスを別のコドンシーケンスに変換するスクリプトを設定しようとしています。
現在私のスクリプトは、6つの列を持つタブで区切られた出力ファイルを生成します。各列は次を示します。
- 最初：ゲノムの位置
- 第二：ヌクレオチド塩基
- 3番目の場所：コドン
- 第四：コドンのゲノム位置配列
- 5番目：SNP頻度
- 6位：SNPベース
出力データは次のとおりです。
2289 G GTG 3 0.0346505 A
2478 G ATG 2 0.0054087 C
出力ファイルの7列を設定して、4列の番号に基づいてコドンのヌクレオチド配列をSNPヌクレオチド(6列)に変更することは可能ですか？
例えば、
- ゲノム位置2289の場合：
GTGコドンはGTAになります。 SNPヌクレオチドAは、列4に記載されているコドン配列の3番目のヌクレオチド配列を置き換えます。
- ゲノム位置2478の場合
ATGコドンはACGになります。 SNPヌクレオチドCは、コドンの第2のヌクレオチド配列を置き換える。
この操作を使用awkまたは実行できますか？sed
ベストアンサー1
「できるか…」という質問に「はい」と答えるのはあまりにも誘惑的です。
そんなことが起こりますか？
awk '{l=substr($3,1,$4-1); r=substr($3,$4+1); print $0"\t"l $6 r}' genome > mutated