wgetを使用して通常のファイル名を取得する

この場合、リスト全体を繰り返すのが最も簡単な方法です（wget動的に出力ファイル名を生成することはサポートされていないようです）。

while read url; do
    t=${url##*/}  # removes protocol and hostname
    pdf=${t%@*}   # removes part from @ onwards
    wget -O "$pdf" "$url"
done < LIST-OF-URLs

urlファイルのURLリストからURLを読みますか？pdfファイル名部分のみを読んでください。

名前が一意でない場合は、次のようにファイル名に数字を追加できます（すべてのファイルがPDFであると仮定）。

i=0
while read url; do
    t=${url##*/}      # removes protocol and hostname
    pdf=${t%.pdf@*}   # removes part from .pdf@ onwards
    wget -O "$pdf-$i.pdf" "$url"
    ((i++))
done < LIST-OF-URLs

または（ファイルのサフィックスが異なる場合）

i=0
while read url; do
    t=${pdf##*/}    # removes protocol and hostname
    pdf=${t%@*}     # removes part from @ onwards
    wget -O "$i-$pdf" "$url"
    ((i++))
done < LIST-OF-URLs