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他のファイルからテキストブロックを抽出する

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他のファイルからテキストブロックを抽出する

別のファイルのIDに基づいてテキストブロックを抽出したいと思います。

入力する

>Feature scaffold1
1   100 g
101 200 g
201 300 g
500 500 r
900 1000    r
>Feature scaffold2
1   100 g
01  500 g
200 300 r
>Feature scaffold3
10  500 g
100 200 r
>Feature scaffold4
10  300 g
500 600 r
>Feature scaffold5
1   1000    r

id.txt

scaffold1
scaffold3
scaffold4

出力.txt

 >Feature scaffold1
 1   100 g
 101 200 g
 201 300 g
 500 500 r
 900 1000    r
 >Feature scaffold3
 10 500 g
 100    200 r
 >Feature scaffold4
 10 300 g
 500    600 r

だから私はid.txtに存在するIDのテキストブロックが欲しいです。これを行う方法はありますか？

ベストアンサー1

短いawk解決策：

awk 'NR==FNR{ a[$1]; next }/^>Feature/{ f=($2 in a) }f' id.txt input.txt
  • NR==FNR{ ... }- 最初の入力ファイル（例id.txt：）を処理します。
    • a[$1]- すべてキャプチャ「足場」配列に保存されたIDa
    • next- 次のレコードに移動
  • /^>Feature/- 次に始まるモデル行を見つけました>Feature（2番目の入力ファイルを処理するときinput.txt）：
    • f=($2 in a)f- 現在の設定に基づいてアクティビティにフラグを付けます。「足場」id（2番目のフィールドとして表示$2）がids配列に表示されます。a
    • f- このフラグの活動によって、すべてのブロックは処理または処理されません。

出力：

>Feature scaffold1
1   100 g
101 200 g
201 300 g
500 500 r
900 1000    r
>Feature scaffold3
10  500 g
100 200 r
>Feature scaffold4
10  300 g
500 600 r

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