SLURM sbatchの変数を使用して出力/エラーファイル名を設定するには?

SLURM sbatchの変数を使用して出力/エラーファイル名を設定するには?

私はSLURMを使用するように切り替えましたsbatch。転送変数をsbatch使用してこれを実行しようとしましたが、--export標準エラー/出力ファイル名の変数を挿入できませんでした。職業名(-J)や部品に効果があるようです--wrap

for i in *fastq.gz; do sbatch \
--export=i=$i --error='$i.eo%j' --output='$i.eo%j'  \
-J trim_`basename ${i}` \
--wrap="fastq_trim_single.sh ${i}" \
; done

名前に$ iを含む出力ファイル($ i.eo68065)を生成します。私が望むようにすることができますか?

注:理想的には、出力ファイル名のbasename $i代わりに使用したいと思います。$i

ベストアンサー1

これがあなたのユースケースに適しているかどうかはわかりませんが、さまざまなタスクの使用を検討しましたか?作業配列を使用すると、変数はコマンドSLURM_ARRAY_TASK_IDで使用できる作業配列の現在のインデックスに割り当てられます。--error--output

以下はいくつかの便利な例です。https://slurm.schedmd.com/job_array.html

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