Xfceでは、システムトレイのアイコンが2倍になりました。

ここで述べたように：xfceのシステムトレイアイコン - Microsoft Community- GNOMEデスクトップを使用するFedora 28にも同じ問題があります。

フォトフレームはトレイの画像を拡大するのに問題があるようですが、縮小するのに問題はないようです。したがって、現状のもう1つの解決策は、小さな（16ピクセル）画像をより大きなバージョンに置き換えることです。この問題がなくても、256ピクセルのアイコンを（任意の）ターゲットトレイのサイズに縮小すると、ほとんどの場合はよさそうです。非常に小さなアイコンを拡大することです。

Electronでこの問題が修正されるか、Skypeでより大きなアイコンにデフォルト設定されるまで、直接解決できます。これを行うには、解凍/usr/share/skypeforlinux/resources/app.asar（electro asarツールを使用）し、イメージを交換してからパッケージ化する必要が<unpacked-dir>/app/images/tray/linux/あります。トレイアイコンは、すでに16pxと32px（HiDPI、@ 2x名前のサフィックス）の2つのバージョンで利用可能です。したがって、トレイサイズが32ピクセル以下の場合は、32ピクセルバージョンを16ピクセルバージョンにコピーするだけです。

解決手順：

1. 必須ソフトウェアのインストール

   $ sudo yum install npm
   $ sudo npm install -g asar
   

2. 荷物などから取り出すapp.asar

   $ asar extract /usr/share/skypeforlinux/resources/app.asar ./skypeapp
   

3. 小さなアイコンを大きなアイコンに置き換える
4. 再梱包app.asarし、古いものを交換してください。

   $ asar pack ./skypeapp ./app.asar
   $ sudo cp ./app.asar /usr/share/skypeforlinux/resources/app.asar
   

^{ちょっとした修正でDebian 9でも動作します。}