>誤ったヘッダー（欠落など）を含む一部のシーケンスと、適切なヘッダーを含む一部のシーケンスを意図的に含むFASTAファイルがあります。ファイルのフォーマットは、一行にヌクレオチド配列を含む。
例:
2865958
AACTACTACAG
>hCoV-19/2832832
ACTCGGGGGG
28328332
ATTCCCCG
>hCoV-19/2789877
ACTCGGCCC
>次のように、正しいヘッダー（たとえば、で始まる行）を持つシーケンスのみを維持したいと思います。
>hCoV-19/2832832
ACTCGGGGGG
>hCoV-19/2789877
ACTCGGCCC
さまざまな方法（sed、grep、awk）を試しましたが、正しい結果がありませんでした。
awk '/^>/ { ok=index($0,"hCoV")!=0;} {if(ok) print;}' combined_v4.fa > combined_v5.fa
sed -n '/^>.*hCoV/,/^>/ {/^>.*hCoV/p ; /^>/! p}' combined_v4.fa > combined_v5.fa
grep -w ">" -A 1 combined_v4.fa > combined_v5.fa
何をすべきか知っていますか？
ベストアンサー1
Tellはgrepまた、で始まる行を探して、>次の行も含みます。
grep -A1 --no-group-separator '^>' combined_v4.fa > combined_v5.fa
grepあなたのバージョンがそれをサポートしていない場合は、--no-group-separator以下を試してください。
grep -A1 '^>' combined_v4.fa | grep -v '^--$' > combined_v5.fa