2つの入力ファイルがあります。入力file1は次のようになります
Equus caballus
Monodelphis domestica
Saccharomyces cerevisiae S288c
入力2は次のとおりです（最初の10行表示）。
>CM000377.2/60448635-60448529 Equus caballus chromosome 1, whole genome shotgun sequence. ATCGCTTCTCGGCCTTTTGGCTAAGATCAAGTGTAGTATCTATTCTTATCAGTTTAAAACTAGTGGTGAAATGAGATGTAGACAGTAACATTTGAATTACAACATCA
>CM000377.2/105043590-105043453 Equus caballus chromosome 1, whole genome shotgun sequence. ATTGCTTCTTGGCCTTTTGGCTAAGATCAAGTATAGTATCTGTTCTCATCAATTTAAAAATGGCAATATAAATAGACCCATAGTAGATCCAGATAATGGTGTTATCAGAAAAGGACTTTAAGTAATTTAATATGTTCA
>CM000377.2/137942042-137941941 Equus caballus chromosome 1, whole genome shotgun sequence. ATCGCTTCTCAGACTTTTGGCTAAGATCAAGCGTAGTATCTGTTCTTATCAGTAATTAACTTCAGAAAAGTTAACTCATCTTCAGCAAGGCAGTAATCCCCT
>CM000377.2/97988860-97989002 Equus caballus chromosome 1, whole genome shotgun sequence. ATCGCTTCTTGGCCTTTTGGCTAAGATCAAGTGTAGGAATCAATGAATTTCTGGTTATGGAGGCTAAAATGATATCTAATCTTGACTTAATCTAGGTCTCTTCAGTATTTGTCACCCTTTACTACATTCTCTGCTGATGCACT
>CM000377.2/77415658-77415776 Equus caballus chromosome 1, whole genome shotgun sequence. ACTGCTTCTTCGCCTTTTGGCTAAAATCAAGTATAGTATCTGTTCTTACCAGTTTAAGTACTTTTTGTGCTTCTCATGGCTATAAGCCATAATTGCTGTTATAACGGTAAGGATTTTTC
>CM000377.2/172045138-172045024 Equus caballus chromosome 1, whole genome shotgun sequence. ATTGCTTCTTGGCCTTTCAGCTAAGATCAAGTGTTGTATCTGTTCGTATCAGTTTAAATCATTCTGCACCAAAGATATGTCTCTTCTTCTCCATTTATTAATTTGTTCACTTATT
>CM000378.2/50070490-50070688 Equus caballus chromosome 2, whole genome shotgun sequence. ATTGCTTCTCGGCCTTTTGGCTAAGATCAAGTGTAGTAATTGATTATCTCAAGTTAAGGAGAACTCACTACATCCCAAAGTCTCATTCTTTGTCTGAGTCTTGACACACATACTTCTTTCTGTGAGTATGTCCCTATTGCCTGCAATTGGCAATCTAAACATTCAGTGAAAATCTTCATTAGCTTTGAATGAACCATGT
>CM000378.2/21366877-21367061 Equus caballus chromosome 2, whole genome shotgun sequence. AAAGCGTCTCAGCCTTTTGGCTAAGATCAAGTGTAGTATCTGTAGCTAGTCTATAACCTGATTGATATGTCCATTTTACCCCAATATCATACCATTATGATTACTGTGGCTTTATATAGCAAATCTTGAACTCAGGTAGTATAAATCCTCTAACTCTGTTCTTTGTCAAAATGGTCTTGGCTATT
>CM000378.2/56987690-56987788 Equus caballus chromosome 2, whole genome shotgun sequence. ATCGCTTCTCGGCCTTTTGGCTAAGATCAAGTGTAGTATCTGAACGTCGGCGCCCTCGTGAGGAGGCACAGCCTCTCGTTCCCTGCTCCTACACTCCTT
>CM000378.2/18244103-18244249 Equus caballus chromosome 2, whole genome shotgun sequence. ATCGCTTCTCGGCCTTTTGGCTGAGATCAAGTGTAGAGCTTTGAATAGTATAATAATATTATTTTGATAGTAATAACAATAAACAATCGCTAGCATTAATGAGAGCTTAGTGTATGCCAGTCACCATGCTAAGTGCTCTAGATGCTT
>CM000370.1/74459482-74459563 Monodelphis domestica chromosome 3, whole genome shotgun sequence. ATCACTTCTCTGCCTTTTGGCTAAGATCAAGTGTAGTATCAATAGATGCAGAAAGAGCTTTTGACAAAATACAACACCCATT
>CM000370.1/105243828-105243703 Monodelphis domestica chromosome 3, whole genome shotgun sequence. ATTGTTTCTTGGCCTTTTGGCTAAGATCAAGTGTAGAAATATTGTTAAATAATTACTTGTAAGATCTCGGAGAAACTAGAGAAGGTATTTATTGTACCTGGGAGTTTCCCATTCCTGGAACTCTCT
>CM000370.1/143474511-143474342 Monodelphis domestica chromosome 3, whole genome shotgun sequence. ATTGCTTCTCAACCTTTTGGCTAAGATCAAGTGTAGTATCTATATCCCAATGATGTTTGGGATACTTAGTATTTGGGCAGCTAGAACTCCTCTTCCTGAGTTAAAATCCAGCCAATCACTAGCTGTGTGGCCTTGGGTAAGTCACTTAACCCAGTTTGCCTCAGTTGTCT
>CM000371.1/104846407-104846597 Monodelphis domestica chromosome 4, whole genome shotgun sequence. ATCGCTTCTCGGCCTTTTGGCTAAGATCAAGTGTAGTATCTGTTCTTATCAGTTTAATATCTGATACGTCCTCTATCCGAGGACAATATATTAAATGGATTTTTGAAGCAGGGAGTCGGAATAGGAGCTTGCTCCGTCCACTCCACGCATCGACCTGGTATTGCAGTACTTCCAGGAACGGTGCACCTCCC
>CM000371.1/104773987-104774177 Monodelphis domestica chromosome 4, whole genome shotgun sequence. ATCGCTTCTCGGCCTTTTGGCTAAGATCAAGTGTAGTATCTGTTCTTATCAGTTTAATATCTGATACGTCCTCTATCCGAGGACAATATATTAAATGGATTTTTGAAACAGGGAGTCGGAATAGGAGCTTGCTCCGTCCACTCCACGCATCGACCTGGTATTGCAGTACTTCCAGGAACGGTGCACTTCCC
>BK006936.2/681858-681747 TPA: Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome II, complete sequence. ATCTCTTTGCCTTTTGGCTTAGATCAAGTGTAGTATCTGTTCTTTTCAGTGTAACAACTGAAATGACCTCAATGAGGCTCATTACCTTTTAATTTGTTACAATACACATTTT
入力file1に一致する入力file2の行をgrepし、それを計算して、入力file1の行が入力file2に表示される合計回数を取得したいと思います。
出力例
Equus caballus 10
Monodelphis domestica 5
Saccharomyces cerevisiae S288c 1
など。
input2 ファイルから file1 の一致行を抽出するために使用します。
grep -Fwf input1 input2
input1の各行がinput2に表示される回数を計算する方法は？
ベストアンサー1
次の方法でこれを実行できます。
grep -Fowf input1 input2 | sort | uniq -c
これにより、希望の方法とは反対方向に出力が生成されますが、その順序で必要な場合は、次のことができます。
grep -Fowf input1 input2 | sort | uniq -c | awk '{c = $1; $1 = ""; print $0,c}'