tmuxのすべてのウィンドウをきれいにする方法は？

tmuxのマニュアルページから：

  kill-window [-a] [-t target-window]
               (alias: killw)

         Kill the current window or the window at target-window, removing it 
         from any sessions to which it is linked.  The -a option kills all 
         but the window given with -t.

したがって、コマンドプロンプトで次のことを試してください。

$ tmux kill-window -a

ウィンドウを維持するには、そのウィンドウも含めてください。

$ tmux kill-window -a -t:<window number>