現在、GNOMEソフトウェアはソフトウェアアップデート通知を表示します。実行しましたが、pkcon updatePackageKitにアップデートがありませんでした。
これがFlatpakアプリのアップデートという意味だと思います。だからGNOMEソフトウェアを開いたが、アップデートは表示されません。これは、更新ボタンをクリックした後も同様です。
しかしあるはいフラットアップデート：
$ flatpak update
Looking for updates...
Installing in system:
org.kde.KStyle.Adwaita/x86_64/5.11 flathub e57166147180
org.kde.Platform.Locale/x86_64/5.11 flathub f088e9aca35b
org.freedesktop.Platform.VAAPI.Intel/x86_64/1.6 flathub 82006efc71d3
org.freedesktop.Platform.ffmpeg/x86_64/1.6 flathub d757f762489e
org.kde.KStyle.Adwaita/x86_64/5.9 flathub 41f06d286c71
org.kde.Platform.Locale/x86_64/5.9 flathub 419358ad4f0a
Updating in system:
io.github.wereturtle.ghostwriter/x86_64/stable flathub 554be79e1d31
Is this ok [y/n]: n
GNOMEソフトウェアにこれらのアップデートが表示されないのはなぜですか？
すべてのFlatpakアプリケーションは、コマンドを直接使用するのではなく、Gnomeソフトウェアを使用してインストールされますflatpak。
Flatpakアプリアップデートをインストールしたことがあるかどうかわかりません。私は最近、それらを使ってみました。 （つまり、私の観点では、これは回帰ではなく、決して機能しない可能性があります。）
$ rpm -q gnome-software flatpak
gnome-software-3.28.2-1.fc28.x86_64
flatpak-1.0.0-2.fc28.x86_64
$ head -n2 /usr/lib/os-release
NAME=Fedora
VERSION="28 (Workstation Edition)"