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Newick形式で系統発生数の名前を編集 [閉じる]

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Newick形式で系統発生数の名前を編集 [閉じる]

Newick形式の系統発生数がありますが、分類群名の一部を削除したいと思います。

1_[genus_specie_1]_characters:0.2654682758,(((((((((((((((2_[genus_specie_2]_characters:0.0379334280,54_[genus_specie_2]_characters:0.0605802067)/1/100:0.0121248674,(3_[genus_specie_3]_characters:0.0206432295,4_[genus_specie_4]_characters:0.0141250479)/1/100:0.0647820408)/1/100:0.0235327264,30_[genus_specie_5]_characters

たとえば、角かっこ内の部分を削除したいと思います。

genus_specie_1:0.2654682758,(((((((((((((((genus_specie_2:0.0379334280,genus_specie_2:0.0605802067)/1/100:0.0121248674,(genus_specie_3:0.0206432295,genus_specie_4:0.0141250479)/1/100:0.0647820408)/1/100:0.0235327264,genus_specie_5

すべての角かっこを取り除くためにライナーパールを使ってみました。 

perl -i -pe 'y/[]//d' file.nwk

私も次のsedコマンドを試しました

sed 's/[[:alnum:]_]*\[\([[:alnum:]_]*\)\][[:alnum:]_]*/\1/g'

しかし、うまくいきません

ベストアンサー1

Perl正規表現はここでうまく機能します。

$ initial='1_[genus_specie_1]_characters:0.2654682758,(((((((((((((((2_[genus_specie_2]_characters:0.0379334280,54_[genus_specie_2]_characters:0.0605802067)/1/100:0.0121248674,(3_[genus_specie_3]_characters:0.0206432295,4_[genus_specie_4]_characters:0.0141250479)/1/100:0.0647820408)/1/100:0.0235327264,30_[genus_specie_5]_characters'
$ expected='genus_specie_1:0.2654682758,(((((((((((((((genus_specie_2:0.0379334280,genus_specie_2:0.0605802067)/1/100:0.0121248674,(genus_specie_3:0.0206432295,genus_specie_4:0.0141250479)/1/100:0.0647820408)/1/100:0.0235327264,genus_specie_5'

$ result=$( perl -pe 's/\d+_\[(.+?)\]_.*?(?=:|$)/$1/g' <<<"$initial" )

$ [[ $result = $expected ]] && echo yes
yes

非欲望の数量子（.*?）と予測（(?=:|$)）を使用します。

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