aac指定されたファイルで特定のシーケンス（例：）が発生した回数を示す「countmatches」と呼ばれるbashスクリプトを作成することが課題です。スクリプトには少なくとも2つのパラメータが必要です。そのうちの最初のパラメータは、提供された有効なDNA文字列を含むファイルのパス名でなければなりません。残りのパラメータは、base a、cおよびg任意の順序で含まれる文字列です。t各有効なパラメータ文字列に対してファイルからDNA文字列を取得し、DNA文字列（つまりファイル）でそのパラメータ文字列が重複しない回数を計算します。
サンプルシーケンスと出力が文字列aaccgtttgtaaccggaacというファイルにある場合、dnafileスクリプトは次のように動作するはずです。
$ countmatches dnafile ttt
ttt 1
コマンドは、countmatches dnafile ttt出力は、ttt 1ディスプレイはttt一度表示されます。
これは私のスクリプトです。
#!/bin/bash
for /data/biocs/b/student.accounts/cs132/data/dna_textfiles
do
count=$grep -o '[acgt][acgt][acgt]' /data/biocs/b/student.accounts/cs132/data/dna_textfiles | wc -w
echo {$/data/biocs/b/student.accounts/cs132/data/dna_textfiles} ${count}
done
これは私が得るエラーです
[Osama.Chaudry07@cslab5 assignment3]$ ./countmatches /data/biocs/b/student.accounts/cs132/data/dna_textfiles aac
./countmatches: line 6: '/data/biocs/b/student.accounts/cs132/data/dna_textfiles': not a valid identifier
ベストアンサー1
cat dna_textfile
aaccgtttgtaaccggaac
#!/bin/bash
dna_file=/path/to/dna_textfiles
printf "\e[31mNucleotide sequence?:";
read -en 3 userInput
while [[ -z "${userInput}" ]]
do
read -en 3 userInput
done
count=$(grep -o "${userInput}" "${dna_file}" | wc -l)
echo "${userInput}", ${count}
出力：
ttt, 1
#!/bin/bash
#set first and second arguments (dnafile and base respectively)
dir=$1
base=$2
count=$(grep -o ${base} ${dir} | wc -l)
echo "${base}", "${count}"
出力：
$ ./countmatches dnafile ttt
ttt, 1
@Kusalanandaでコメントに返信
上記の解決策が重要です。重複なし文字列で発生した回数。たとえば、文字列「acacaca」には、「aca」が重ならない2つの項目と「aca」が3つ重なっている場合があります。計算のため重なる発生回数：
#!/bin/bash
#set first and second arguments (sequence and base respectively)
sequence=$1
base=$2
diff_sequence_base=$((${#sequence} - ${#base} | bc))
for ((i=0; i <= ${diff_sequence_base}; i++)); do
[ ${sequence:i:${#base}} = $base ] && ((count++))
done
echo $base, $count
$ ./countmatches acacaca aca
aca, 3
$ ./countmatches aaccgtttttaaccggaac ttt
ttt, 3