複数のログファイルから情報を抽出する

Question

次のことを試してみてください。

for filepath in $(ls -1 /home/travc/seq_v2/AgamP4_v2/samples/*/qualimap/qualimap.log);
do
  sed -n '/Num mapped reads/p' $filepath >> /data/home/odkirling/Mali/Yeah1.txt
done

これを行うには、前と後のパスが*まったく同じでなければなりません。

修正する

ファイルが順番にある場合（例ERS224561）、この場合、スクリプトは次のようになりますERS224591。seq 61 91

for filenum in $(seq -w 30 150);
do
  sed -n '/Num mapped reads/p' "/home/travc/seq_v2/AgamP4_v2/samples/ERS2245$filenum/qualimap/qualimap.log" >> /data/home/odkirling/Mali/Yeah1.txt
done

または、次の形式のテキストファイルにディレクトリリストがあるとします。

ERS224591
ERS224592
ERS224523
ERS224525
.
.
.

それからあなたは次のことをすることができます

for dirname in $(cat dir_names.txt);
do
  sed -n '/Num mapped reads/p' "/home/travc/seq_v2/AgamP4_v2/samples/$dirname/qualimap/qualimap.log" >> /data/home/odkirling/Mali/Yeah1.txt
done

dir_names.txtディレクトリ名を含むファイル。同様に、要件に応じてファイルパスの一部を置き換えることができるはずです。

Answer 1