MacBook Proにはルートディスク（SSD）と外部SSDがあります。何千もの画像ファイルを含むディレクトリがあり、そのファイルを外部SSDにコピーしている間にルートディスクで22 GBを占めたことが、外部SSDでは130 GB以上を占めることがわかりました。
以下はサンプル出力です。
ルートディスク：
$ du -h -d 1 .
451M ./bbox_train
$ ls -lsh MARS/0001/`
16 -rw-r--r--@ 1 john staff 5.5K Aug 7 2016 0001C6T0187F073.jpg
16 -rw-r--r--@ 1 john staff 5.6K Aug 7 2016 0001C6T0187F074.jpg
16 -rw-r--r--@ 1 john staff 5.4K Aug 7 2016 0001C6T0187F075.jpg
16 -rw-r--r--@ 1 john staff 5.4K Aug 7 2016 0001C6T0187F076.jpg
16 -rw-r--r--@ 1 john staff 5.2K Aug 7 2016 0001C6T0187F077.jpg
16 -rw-r--r--@ 1 john staff 5.4K Aug 7 2016 0001C6T0187F078.jpg
16 -rw-r--r--@ 1 john staff 5.4K Aug 7 2016 0001C6T0187F079.jpg
16 -rw-r--r--@ 1 john staff 5.3K Aug 7 2016 0001C6T0187F080.jpg
16 -rw-r--r--@ 1 john staff 5.3K Aug 7 2016 0001C6T0187F081.jpg
16 -rw-r--r--@ 1 john staff 5.4K Aug 7 2016 0001C6T0187F082.jpg
16 -rw-r--r--@ 1 john staff 5.4K Aug 7 2016 0001C6T0187F083.jpg
16 -rw-r--r--@ 1 john staff 5.7K Aug 7 2016 0001C6T0187F084.jpg
16 -rw-r--r--@ 1 john staff 5.4K Aug 7 2016 0001C6T0187F085.jpg
16 -rw-r--r--@ 1 john staff 5.5K Aug 7 2016 0001C6T0187F086.jpg
16 -rw-r--r--@ 1 john staff 5.4K Aug 7 2016 0001C6T0187F087.jpg
16 -rw-r--r--@ 1 john staff 5.4K Aug 7 2016 0001C6T0187F088.jpg
16 -rw-r--r--@ 1 john staff 5.4K Aug 7 2016 0001C6T0187F089.jpg
16 -rw-r--r--@ 1 john staff 5.2K Aug 7 2016 0001C6T0187F090.jpg
16 -rw-r--r--@ 1 john staff 5.0K Aug 7 2016 0001C6T0187F091.jpg
$ ls -1 bbox_train/0001 | wc -l
9378
外付けドライブ：
$ ls -lsh MARS/bbox_train/0001
256 -rwxrwxrwx@ 1 john staff 5.4K Aug 15 17:59 0001C6T0187F069.jpg
256 -rwxrwxrwx@ 1 john staff 5.7K Aug 15 17:59 0001C6T0187F070.jpg
256 -rwxrwxrwx@ 1 john staff 5.6K Aug 15 17:59 0001C6T0187F071.jpg
256 -rwxrwxrwx@ 1 john staff 5.6K Aug 15 17:59 0001C6T0187F072.jpg
256 -rwxrwxrwx@ 1 john staff 5.5K Aug 15 17:59 0001C6T0187F073.jpg
256 -rwxrwxrwx@ 1 john staff 5.6K Aug 15 17:59 0001C6T0187F074.jpg
256 -rwxrwxrwx@ 1 john staff 5.4K Aug 15 17:59 0001C6T0187F075.jpg
256 -rwxrwxrwx@ 1 john staff 5.4K Aug 15 17:59 0001C6T0187F076.jpg
256 -rwxrwxrwx@ 1 john staff 5.2K Aug 15 17:59 0001C6T0187F077.jpg
256 -rwxrwxrwx@ 1 john staff 5.4K Aug 15 18:00 0001C6T0187F078.jpg
256 -rwxrwxrwx@ 1 john staff 5.4K Aug 15 18:00 0001C6T0187F079.jpg
256 -rwxrwxrwx@ 1 john staff 5.3K Aug 15 17:59 0001C6T0187F080.jpg
256 -rwxrwxrwx@ 1 john staff 5.3K Aug 15 17:59 0001C6T0187F081.jpg
256 -rwxrwxrwx@ 1 john staff 5.4K Aug 15 17:59 0001C6T0187F082.jpg
256 -rwxrwxrwx@ 1 john staff 5.4K Aug 15 17:59 0001C6T0187F083.jpg
256 -rwxrwxrwx@ 1 john staff 5.7K Aug 15 17:59 0001C6T0187F084.jpg
256 -rwxrwxrwx@ 1 john staff 5.4K Aug 15 18:00 0001C6T0187F085.jpg
256 -rwxrwxrwx@ 1 john staff 5.5K Aug 15 18:00 0001C6T0187F086.jpg
256 -rwxrwxrwx@ 1 john staff 5.4K Aug 15 18:00 0001C6T0187F087.jpg
256 -rwxrwxrwx@ 1 john staff 5.4K Aug 15 17:59 0001C6T0187F088.jpg
256 -rwxrwxrwx@ 1 john staff 5.4K Aug 15 17:59 0001C6T0187F089.jpg
256 -rwxrwxrwx@ 1 john staff 5.2K Aug 15 17:59 0001C6T0187F090.jpg
256 -rwxrwxrwx@ 1 john staff 5.0K Aug 15 18:00 0001C6T0187F091.jpg
$ du -h -d 1 .
14G ./bbox_train
$ ls -1 bbox_train/0001 | wc -l
9378
したがって、ファイル数とファイルサイズは同じですが、ディレクトリサイズはまったく異なります。使用されたブロック数がls -s16個と256個と報告されたことを確認しました。何が起こっているのでしょうか？
編集する -
$ sudo fdisk -d /dev/disk3s2
-185273100,-185273100,0xF4,-,1012,244,52,1012,244,52
-185273100,-185273100,0xF4,-,1012,244,52,1012,244,52
-185273100,-185273100,0xF4,-,1012,244,52,1012,244,52
-185273100,-185273100,0xF4,-,1012,244,52,1012,244,52