ソースツリーのコマンドのマニュアルページファイルに名前を付けて配置するルールはありますか？

マニュアルページが別の「ソースファイル」から生成されたことを考えると、リポジトリにまったく保存されません。私の経験によれば、ソースリポジトリは作成されたファイルではなく、実際に直接変更したいファイルだけを保存することをお勧めします。

保存したい場合（help2manビルド時に必要としないように）、ディレクトリ構造がないので、残りのソースファイルと一緒に保存できます。提供された命名システム<command_name>.<section_number>が良いです。