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bash は、特定のファイル拡張子のフォルダにサブディレクトリを作成します。

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bash は、特定のファイル拡張子のフォルダにサブディレクトリを作成します。

以下では、bash特定の拡張子を持つファイルのディレクトリ内にサブディレクトリを作成しようとしています.bam。ファイルが.bam切り捨てられ、結果は$RDIR元のファイルの場所または1レベル上のフォルダ名に保存されます。複数のファイルが存在する可能性がありますが、.bam常に同じ形式を持ちます。私もコメントを残しました。ありがとうございます:)。

強く打つ

DIR=/home/cmccabe/Desktop/folder   ## define data directory path
cd "$DIR" || exit 1  # check directory exists or exit
for RDIR in R_2019* ; do  ## start processing matching "R_2019*" to operate on desired directory and expand
 cd "$RDIR"/BAM   ## change directory to subfolder inside $RDIR
  bam=$(find . -type f -name "*.bam")   # extract .bam
  sample="$(echo $bam|cut -d_ -f3-)" # remove before second underscore
  mkdir -p "${sample%.*}" && mv "$sample" "RDIR"/"${x%.*}"  ## make directory of sample id one level up
done  ## close loop

構造/home/cmccabe/Desktop/folder --- $ DIRです---

R_2019_00_00_00_00_00_xxxx_xx-0000-00  --- this is $RDIR ---
     BAM   ---subdirectory---
       IonCode_0241_19-0000-Last-First.bam.bai
       IonCode_0241_19-0000-Last-First.bam
       IonCode_0243_19-0001-Las-Fir.bam.bai
       IonCode_0243_19-0001-Las-Fir.bam
     QC    ---subdirectory---

スクリプト構造 次の/home/cmccabe/Desktop/folder --- $DIR です。---

R_2019_00_00_00_00_00_xxxx_xx-0000-00  --- this is $RDIR ---
     BAM                  ---subdirectory---
     19-0000-Last-First   ---subdirectory---
     19-0001-Las-Fir      ---subdirectory---
     QC                   ---subdirectory---

セット-x

bash: cd: R_2019*/BAM: No such file or directory
++ find . -type f -name '*.bam'
+ bam=
++ echo
++ cut -d_ -f3-
+ sample=
+ mkdir -p ''
mkdir: cannot create directory ‘’: No such file or directory

ベストアンサー1

次の行に問題があるようです。

 bam=$(find . -type f -name "*.bam")   # extract .bam
 sample="$(echo $bam|cut -d_ -f3-)" # remove before second underscore

改訂する:

これは一行で達成できます。

i=$(find . -type f -name "*.bam" -print | while read f;do echo "$f" | cut -d_ -f3-;done| cut -f 1 -d '.') ## To take the file names and then cut.

次に、forループを追加してディレクトリを作成します。

for x in $i
        do mkdir -p $DIR/$x
        done

最終スクリプト：

DIR=/home/vvek/MyLearning/Linux/bam/   ## define data directory path
cd "$DIR" || exit 1  # check directory exists or exit
for RDIR in R_2019* ; do  ## start processing matching "R_2019*" to operate on desired directory and expand
 cd "$RDIR"/BAM   ## change directory to subfolder inside $RDIR
i=$(find . -type f -name "*.bam" -print | while read f;do echo "$f" | cut -d_ -f2-;done| cut -f 1 -d '.')  # extract .bam

for x in $i
        do mkdir -p $DIR/$x
        done
done  ## close loop

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