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ファイルのある列の一致するものを別のファイルの別の列に置き換えます。

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ファイルのある列の一致するものを別のファイルの別の列に置き換えます。

次のようにタブ区切りの2つのファイルがあります。

ファイル1：

NC_008146.1     WP_011558474.1  1155234 1156286 44173
NC_008146.1     WP_011558475.1  1156298 1156807 12
NC_008146.1     WP_011558476.1  1156804 1157820 -3
NC_008705.1     WP_011558474.1  1159543 1160595 42748
NC_008705.1     WP_011558475.1  1160607 1161116 12
NC_008705.1     WP_011558476.1  1161113 1162129 -3
NC_009077.1     WP_011559727.1  2481079 2481633 8
NC_009077.1     WP_011854835.1  1163068 1164120 42559
NC_009077.1     WP_011854836.1  1164127 1164636 7

ファイル2：

NC_008146.1     GCF_000014165.1_ASM1416v1_protein.faa
NC_008705.1     GCF_000015405.1_ASM1540v1_protein.faa
NC_009077.1     GCF_000016005.1_ASM1600v1_protein.faa

file1の列1をfile2と一致させ、その列をfile2の対応する列2項目に置き換えたいと思います。出力は次のとおりです。

GCF_000014165.1_ASM1416v1_protein.faa     WP_011558474.1  1155234 1156286 44173
GCF_000014165.1_ASM1416v1_protein.faa     WP_011558475.1  1156298 1156807 12
GCF_000014165.1_ASM1416v1_protein.faa     WP_011558476.1  1156804 1157820 -3
GCF_000015405.1_ASM1540v1_protein.faa     WP_011558474.1  1159543 1160595 42748
GCF_000015405.1_ASM1540v1_protein.faa     WP_011558475.1  1160607 1161116 12
GCF_000015405.1_ASM1540v1_protein.faa     WP_011558476.1  1161113 1162129 -3
GCF_000016005.1_ASM1600v1_protein.faa     WP_011559727.1  2481079 2481633 8
GCF_000016005.1_ASM1600v1_protein.faa     WP_011854835.1  1163068 1164120 42559
GCF_000016005.1_ASM1600v1_protein.faa     WP_011854836.1  1164127 1164636 7

ベストアンサー1

ファイルがソートされたと仮定すると、awkは必要なく、coreutils Joinを使用できます。

join -o '2.2 1.2 1.3 1.4 1.5' file1 file2

出力：

GCF_000014165.1_ASM1416v1_protein.faa     WP_011558474.1  1155234 1156286 44173
GCF_000014165.1_ASM1416v1_protein.faa     WP_011558475.1  1156298 1156807 12
GCF_000014165.1_ASM1416v1_protein.faa     WP_011558476.1  1156804 1157820 -3
GCF_000015405.1_ASM1540v1_protein.faa     WP_011558474.1  1159543 1160595 42748
GCF_000015405.1_ASM1540v1_protein.faa     WP_011558475.1  1160607 1161116 12
GCF_000015405.1_ASM1540v1_protein.faa     WP_011558476.1  1161113 1162129 -3
GCF_000016005.1_ASM1600v1_protein.faa     WP_011559727.1  2481079 2481633 8
GCF_000016005.1_ASM1600v1_protein.faa     WP_011854835.1  1163068 1164120 42559
GCF_000016005.1_ASM1600v1_protein.faa     WP_011854836.1  1164127 1164636 7

ファイルがソートされていない場合は、最初にソート（sort file1 > file1.sorted; sort file2 > file2.sorted）してから上記のコマンドを使用するか、シェルがその<()構成をサポートしている場合（bashはサポート）、次のいずれかを実行できます。

join -o '2.2 1.2 1.3 1.4 1.5' <(sort file1) <(sort file2)

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