次のデータフレームがあります。
> head(dat_sg2)
DwoC_2318_norm.1 DwoC_2318_norm.2 DwoC_2318_norm.3 DwoC_3395_norm.1 DwoC_3395_norm.2 DwoC_3395_norm.3 DwoC_6154_norm.1
Ku8QhfS0n_hIOABXuE 4.865523 4.806292 4.478393 4.539028 4.050325 4.440587 4.110421
Bx496XsFXiAlj.Eaeo 6.123590 6.423548 6.561369 5.856075 5.858094 5.930103 5.801459
W38p0ogk.wIBVRXllY 7.791964 7.648746 7.705958 7.561884 7.699504 7.676182 7.479021
QIBkqIS9LR5DfTlTS8 5.810877 5.579234 5.698071 5.088198 5.076525 5.367539 3.887972
BZKiEvS0eQ305U0v34 6.294961 6.358164 5.876450 5.414746 5.664350 5.924501 4.446681
6TheVd.HiE1UF3lX6g 5.268226 5.337910 5.420836 5.604646 5.007336 5.101670 5.590275
3列ごとの平均を含むデータフレームを取得する必要があります。したがって、私が望む結果は6行と2列です（例：DwoC_2318とDwoC_3395）。
出力は次のとおりです。
DwoC_2318_mean DwoC_3395_mean
Ku8QhfS0n_hIOABXuE 4.716736 4.343313
Bx496XsFXiAlj.Eaeo … …
W38p0ogk.wIBVRXllY … …
QIBkqIS9LR5DfTlTS8 … …
BZKiEvS0eQ305U0v34 … …
6TheVd.HiE1UF3lX6g … …
どこ：
4.716736=(4.865523+4.806292+4.478393)/3
私の元のデータフレームは21列と約20,000行で構成されています。
ここでは、rowMeansでR適用関数を使用できるようですが、これを適用して3列ごとに平均を計算する方法がわかりません。
私は15568行と21列を持つデータフレーム全体（df）でこれを行いたいと思います。
groups=c(1,1,1,2,2,2,3,3,3,4,4,4,5,5,5,6,6,6,7,7,7)
x=apply(df,1,function(x) tapply(x, list(groups), mean))
ただし、15568行と7列は出力されません。
7行、15568列。
ベストアンサー1
3行ごとに平均を計算する方が簡単なので、まずデータフレームを転置してこの問題を解決しました。後で私はそれを再び回した。
#read in data
df=read.table("DwoC", header=T)
#transpose it
df <- as.data.frame(t(df))
# remove .1,.2,...strings from row names, and save unique row names
rn=unique(gsub("\\..*","",rownames(df)))
n=3
# calculate means between each 3 rows
dd=aggregate(df,list(rep(1:(nrow(df)%/%n+1),each=n,len=nrow(df))),mean)[-1]
# transpose it back
dt <- as.data.frame(t(dd))
# rename columns as the names were lost during transpose step
names(dt)=rn