私は私が編集してきたphylipファイルで構成されたデータセットで作業しています。 Phylipフォーマットは、サンプル番号とシーケンス長をヘッダーとして含み、各サンプルとそのシーケンスが続くバイオインフォタイプです。たとえば、
5 10
sample_1 gaatatccga
sample_2 gaatatccga
sample_3 gaatatcgca
sample_4 caatatccga
sample_5 gaataagcga
私の問題は、これらのデータセットをクリーンアップするときにヘッダーのサンプル数がもはや正確ではないということです（たとえば、上記の例では5と表示される可能性がありますが、サンプルを3つにまとめました）。私がすべきことは、サンプル数を新しい正確なサンプル数に置き換えることです。しかし、シーケンスの長さ番号（例：10）を失うことなくこれを行う方法がわかりません。
550個のファイルがあるため、これを手動で簡単に実行することはできません。 wcに対してforループを実行できますが、もう一度シーケンス長情報を保持し、それを新しい正確なwcと組み合わせる必要があります。
ベストアンサー1
お客様の要件を正しく理解したら、次のawkコマンドを使用できます。
awk -v samples="$(($(grep -c . input)-1))" 'NR == 1 { $1=samples }1' input
samplesファイルの行数から1を引いた値に設定しますinput（ヘッダー行は計算しないため）。
awk次に、最初の行の最初の列を新しいサンプル番号に変更し、すべてを印刷します。
$ cat input
5 10
sample_1 gaatatccga
sample_2 gaatatccga
sample_3 gaatatccga
$ awk -v samples="$(($(grep -c . input)-1))" 'NR == 1 { $1=samples }1' input
3 10
sample_1 gaatatccga
sample_2 gaatatccga
sample_3 gaatatccga
GNU awkを使用すると、そのフラグを使用して適切なファイルを変更できますが、-i正しい変更が行われたことを確認するために2番目の変更されたファイルセットを作成することをお勧めします。
それは次のとおりです。
for file in *.phy; do
awk -v samples="$(($(grep -c . "$file")-1))" 'NR == 1 { $1=samples }1' "$file" > "${file}.new"
done