最初の選択

! [[ expression ]]

テスト全体がfalseを返す場合はtrue

[[ ! expression ]]

単一の式が false を返す場合、値は true です。

テストは複合式である可能性があるため、これは非常に異なる場合があります。たとえば、

$ [[ ! 0 -eq 1 || 1 -eq 1 ]] && echo yes || echo no
yes
$ ! [[ 0 -eq 1 || 1 -eq 1 ]] && echo yes || echo no
no

個人的には、該当する場合はテスト構成内で否定を使用することを好みますが、意図に応じて外部でも完全に問題ありません。