IntelliJ（またはPhpStormなどの他の派生製品）にフォーカスを切り替えると、ウィンドウはバックグラウンドで直接最大化されます。それを使用する前に、他のウィンドウを最小化する必要があります。他のアプリケーションは、タスクバー項目をクリックするとすぐに前方に最大化されます。
私は「Metacity + Compositing」をウィンドウマネージャとして使用してLinux Mint 19.1とMate Desktopを実行しています。
編集する：ユーザーshaaxは、FedoraとPlasma Desktopでもこれが起こると述べました。