以下のように大きなタブで区切られた入力ファイルがあります。
SF_0000000555_RDNAU_58_10293 10873 11041 + ID=match41;Target=SF_0000000005 99 267 168
SF_0000000555_RDNAU_58_10293 188079 188215 + ID=match2617;Target=SF_0000000020 3 138 135
SF_0000000555_RDNAU_58_10293 137594 137704 - ID=match4142;Target=SF_0000000048 16 126 110
SF_0000000555_RDNAU_58_10293 70582 71504 - ID=match45147;Target=SF_0000000350 8970 9886 916
SF_0000000555_RDNAU_58_10293 100212 101204 - ID=match45148;Target=SF_0000000350 9584 10597 1013
SF_0000000555_RDNAU_58_10293 101165 101747 - ID=match45149;Target=SF_0000000350 9005 9581 576
SF_0000000555_RDNAU_58_10293 82434 82891 - ID=match45150;Target=SF_0000000350 9273 9730 457
以下のように出力したい
SF_0000000555 10873 11041 + SF_0000000005 99 267 168
SF_0000000555 188079 188215 + SF_0000000020 3 138 135
SF_0000000555 137594 137704 - SF_0000000048 16 126 110
SF_0000000555 70582 71504 - SF_0000000350 8970 9886 916
SF_0000000555 100212 101204 - SF_0000000350 9584 10597 1013
SF_0000000555 101165 101747 - SF_0000000350 9005 9581 576
SF_0000000555 82434 82891 - SF_0000000350 9273 9730 457
awkやPerlを使ってファイルを編集する方法を教えてください。 cutコマンドを使用して個々の列を編集し、次のコマンドを使用して一緒にマージしました。
awk '{print $1}' |cut -d "_" -f 1-2
awk '{print $5}' |cut -d ";" -f 2- | cut -d "=" -f 2
よろしくお願いします。
ベストアンサー1
内部編集の場合は、次の操作を行う方が簡単です。
sed -i "s/\t/ /g" file.txt \
&& sed -i "s/ID=match[[:digit:]]\+;Target=//g" test.txt \
&& sed -i "s/_RDNAU_[[:digit:]]\+_[[:digit:]]\+//g" test.txt
少し無差別代入ですが、はるかに簡単です。