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各行から特定の文字を抽出します。

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各行から特定の文字を抽出します。

テキストファイルがあり、それに続く各行から文字列を抽出したいと思います。"OS="

input file line
A0A0A9PBI3_ARUDO Uncharacterized protein OS=Arundo donax OX=35708 PE=4 SV=1
K3Y356_SETIT ATP-dependent DNA helicase OS=Setaria italica OX=4555 PE=3 SV=1

希望の出力

OS=Arundo donax
OS=Setaria italica

または

Arundo donax
Setaria italica

ベストアンサー1

拡張正規表現grep（または互換バージョン）でGNUを使用する：

grep -Eo "OS=\w+ \w+" file

またはデフォルトの正規表現（エスケープする必要があります）+

grep -o "OS=\w\+ \w\+" file
# or
grep -o "OS=\w* \w*" file

OS=からまでのすべてを得るには、可能であればPerl互換正規表現（PCRE）（オプション）をOX=使用して事前に確認してください。grep-P

grep -Po "OS=.*(?=OX=)" file

#to also leave out "OS="
#use lookbehind
grep -Po "(?<=OS=).*(?=OX=)" file
#or Keep-out \K
grep -Po "OS=\K.*(?=OX=)" file

またはgrep包含を使用OX=して後で削除しますsed。

grep -o "OS=.*\( OX=\)" file | sed 's/ OX=$//'

出力：

OS=Arundo donax
OS=Setaria italica

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