列値をその列値の平均で置き換えます。

481974行がある「snp_sol」という次のデータセットがあります。

 trait     effect     snp       chr      pos   snp_effect      weight          variance_explained        var_a_hat
  1         2         1         1        54  0.2030156E-02   1.251482                  0                    0
  1         2         2         1       689 -0.3726744E-03  0.9660012                  0                    0
  1         2         3         1      1234  0.4801369E-03  0.9823542                  0                    0 
  1         2         4         1      1280 -0.1104844E-03  0.9272357                  0                    0
  1         2         5         1      2610 -0.1296295E-02   1.115933                  0                    0
 ...       ...       ...       ...     ...    ...            ...                     ...                   ...

  1         2    481971        26   4897157 -0.7846317E-04  0.9226092                  0                    0
  1         2    481972        26   4898314 -0.3934468E-03  0.9691408                  0                    0
  1         2    481973        26   4898376 -0.7204678E-03   1.019935                  0                    0
  1         2    481974        26   4898606 -0.1522481E-03  0.9333048                  0                    0

次のように、元の値の位置に表示される7番目の列（重み）から、各50個の値（ウィンドウ）の平均を取得したいと思います。

trait     effect     snp       chr      pos   snp_effect               weight                variance_explained      var_a_hat
  1         2         1         1        54  0.2030156E-02      mean of first 50 rows              0                    0
 ...       ...       ...       ...     ...    ...                        ...                      ...                  ...

  1         2        50         1      4234  0.5801369E-03      mean of first 50 rows              0                    0
  1         2        51         1      5080 -0.5048544E-03  mean of second set of 50 rows          0                    0
 ...       ...       ...       ...     ...    ...                        ...                      ...                  ...

  1         2       100         1     12050 -0.4854433E-03  mean of second set of 50 rows          0                    0 
  1         2       101         1     14080 -0.3554433E-03   mean of third set of 50 rows          0                    0 
 ...       ...       ...       ...     ...    ...                        ...                      ...                  ...

  1         2       150         1     14080 -0.7894433E-03   mean of third set of 50 rows          0                    0 

 and so on

  1         2    481974        26   4898606 -0.1522481E-03        mean of last rows                0                    0

重複するウィンドウがあってはなりません。最後のウィンドウには50行を含めることはできません。

私はこのコードを試しています：

NR=$(wc -l "snp_sol" | awk '{print $1}')  # Count the number rows
window=$((NR/50))             # Defining the number windows
int=${window%.*}              # Converting to interger
it=$((2*int))                 # Double the number of windows
for i in $(seq 0 50 $it)          # for statement with a seq to count the windows
    do
    vi=$i                    # Variable to define the beginning of the window       
    vf=$((vi+50))           # Variable to define the end of window
    awk -v vi="$vi" -v vf="$vf" '{ if(NR > vi && NR <= vf)  # take each window
        print } ' snp_sol > b.txt                          # new temporary file to receive the window 
        m=$(awk '{sum+=$7} END {m=sum/NR; print m}' b.txt) # Calculate the mean
    awk -v mean="$m" '{print $1=$3,$2=mean}' b.txt > $i.temp  # save a temporary file with the mean in second column
    rm b.txt      # Remove the file created to calculate the mean
done
cat *.temp > b.temp   # join all temporary files in sequence
paste snp_sol b.temp > c.temp  
awk '{print $1,$2,$3,$4,$5,$6,$7=$11,$8,$9=$10}'  c.temp > snp_sol
rm *.temp

しかし、これはうまくいきません。これを行うには別の方法が必要ですが、方法がわかりません。

この状況に対する最善の解決策は、シェルスクリプトを使用することです。

助けてもらえますか？

よろしくお願いします。