生物情報学に関する質問があります。複数のbamファイルがあります。各bamファイルで、IDを持つ各bamファイルに対してマップされた読み取り数を見つける必要があります。これを行うには、次のコマンドがあります。
$ samtools view -c -f 1 -F 12 HG00173.chrom11.ILLUMINA.bwa.FIN.low_coverage.20111114.bam
これを行うには、1222456などの数字が出力されます。
私の要件は、2つの列と名前列1）Bam-idと列2）No_of_mapped_readsを含むcsvファイルからすべての入力bamファイルの出力を取得する必要があることです。
ベストアンサー1
たぶん、次のようなものがあります。
parallel --tag samtools view -c -f 1 -F 12 ::: *.bam
これが望ましくない場合は、入力例と出力例を使用して質問を更新してください。