Pythonには次のコードがあります。
#/usr/bin/python
from Bio import SeqIO
count = SeqIO.convert(“genome1.gbk”, “genbank”, “genome1.fasta”, “fasta”)
print("Converted %i records" % count)
このコードは、genbankファイル「genome1.gbk」をfastaファイル「genome1.fasta」に変換します。しかし、今このコードを使って現在のフォルダ内のすべてのファイルを変換したいと思います。現在のフォルダにあるすべてのファイルはgenbankファイルですが、このコードを使用してfastaファイルに変換したいと思います。ワイルドカードを使用しようとしていますが、このコードを変更する方法がわかりません。助けてくれてありがとう。
ベストアンサー1
Pythonでos.scandir特徴：
#/usr/bin/python
from Bio import SeqIO
from os import scandir
with scandir() as it:
for entry in it:
if entry.name.endswith('.gbk') and entry.is_file():
count = SeqIO.convert(entry.name, 'genbank', '{}.fasta'.format(entry.name[:-4]), 'fasta')
print("Converted %i records" % count)