別のベッドファイルを作成するには、ベッドファイルの列をコピーしてください。

ゲノムの各場所のゲノムの適用範囲を指定するベッドファイルのゲノム_cov.bedがあります。柱は足場、位置、適用範囲です。

scaffold_1      1       0
scaffold_1      2       0
scaffold_1      3       32
scaffold_1      4       34
scaffold_1      5       34
scaffold_1      6       39
scaffold_1      7       39
scaffold_1      8       53
scaffold_1      9       58
scaffold_1      10      60

2番目の列を繰り返す別のベッドファイルを作成したいと思います。

cut -fを使用すると列をコピーできず、awkコマンドを使用した場合：

awk '{print $1,$2,$2,$3}' genome_cov.bed > genome_cov2.bed

ベッドファイルは作成されず、最終的には次のように表示されます。

scaffold_1 1 1 0
scaffold_1 2 2 0
scaffold_1 3 3 32
scaffold_1 4 4 34
scaffold_1 5 5 34
scaffold_1 6 6 39
scaffold_1 7 7 39
scaffold_1 8 8 53
scaffold_1 9 9 58
scaffold_1 10 10 60