Sedコマンドを使用して列4からAをRAに置き換えるにはどうすればよいですか？ （この列の間には複数のスペースが含まれています。）
ATOM 32 P A 2 6.882 -5.338 6.560 1.00 0.00 P
ATOM 33 OP1 A 2 7.505 -5.970 7.750 1.00 0.00 O
ATOM 34 OP2 A 2 5.404 -5.201 6.610 1.00 0.00 O
TER
合格できるawk '{gsub("A","RA",$4)}1' a.txt > b.txt
ベストアンサー1
間隔が固定されている必要があるため、これはレイアウト全体が固定されていることを意味します。EREを有効にするには、GNU sedやOSX / BSD sedなどの-Eをサポートするsedを使用します。
$ sed -E 's/(.{17})A /\1RA/' file
ATOM 32 P RA 2 6.882 -5.338 6.560 1.00 0.00 P
ATOM 33 OP1 RA 2 7.505 -5.970 7.750 1.00 0.00 O
ATOM 34 OP2 RA 2 5.404 -5.201 6.610 1.00 0.00 O
TER
または、POSIX sedを使用してください。
$ sed 's/\(.\{17\}\)A /\1RA/' file
ATOM 32 P RA 2 6.882 -5.338 6.560 1.00 0.00 P
ATOM 33 OP1 RA 2 7.505 -5.970 7.750 1.00 0.00 O
ATOM 34 OP2 RA 2 5.404 -5.201 6.610 1.00 0.00 O
TER
編集：入力内容が一致しないようです。PDB標準@bushmanは以前に公開しましたが、そのような場合は、次のようにf[]ラベル/名前でフィールド配列を作成し、ラベル/名前で変更し（入力の相対位置ではなく）、印刷を使用できます。同じ固定幅フォーマット：
$ cat tst.awk
BEGIN {
# Record Format (copied from http://www.wwpdb.org/documentation/file-format-content/format33/sect9.html#ATOM)
#
# COLUMNS DATA TYPE FIELD DEFINITION
# -------------------------------------------------------------------------------------
flds[++numFlds]=" 1 - 6 Record name ATOM "
flds[++numFlds]=" 7 - 11 Integer serial Atom serial number."
flds[++numFlds]=" 13 - 16 Atom name Atom name."
flds[++numFlds]=" 17 Character altLoc Alternate location indicator."
flds[++numFlds]=" 18 - 20 Residue name resName Residue name."
flds[++numFlds]=" 22 Character chainID Chain identifier."
flds[++numFlds]=" 23 - 26 Integer resSeq Residue sequence number."
flds[++numFlds]=" 27 AChar iCode Code for insertion of residues."
flds[++numFlds]=" 31 - 38 Real(8.3) x Orthogonal coordinates for X in Angstroms."
flds[++numFlds]=" 39 - 46 Real(8.3) y Orthogonal coordinates for Y in Angstroms."
flds[++numFlds]=" 47 - 54 Real(8.3) z Orthogonal coordinates for Z in Angstroms."
flds[++numFlds]=" 55 - 60 Real(6.2) occupancy Occupancy."
flds[++numFlds]=" 61 - 66 Real(6.2) tempFactor Temperature factor."
flds[++numFlds]=" 77 - 78 LString(2) element Element symbol, right-justified."
flds[++numFlds]=" 79 - 80 LString(2) charge Charge on the atom."
for (fldNr=1; fldNr<=numFlds; fldNr++) {
fld = flds[fldNr]
cols = substr(fld,1,16)
gsub(/ /,"",cols)
n = split(cols,begEnd,/-/)
tag = substr(fld,31,13)
gsub(/ /,"",tag)
tags[fldNr] = tag
begs[tag] = begEnd[1]
wids[tag] = begEnd[n] - begEnd[1] + 1
# Uncomment this if interested in the values the arrays contain:
# print "<" fldNr "><" tags[fldNr] "><" begs[tag] "><" wids[tag] ">" | "cat>&2"
}
}
{
for (fldNr=1; fldNr<=numFlds; fldNr++) {
tag = tags[fldNr]
f[tag] = substr($0,begs[tag],wids[tag])
gsub(/^ +| +$/,"",f[tag])
}
}
f["resName"] == "A" { f["resName"] = "RA" } # this is where you can change a field by its tag/name
{
for (fldNr=1; fldNr<=numFlds; fldNr++) {
tag = tags[fldNr]
printf "%-*s", wids[tag], f[tag]
}
print ""
}
$
$ awk -f tst.awk file
ATOM 32 P RA 2 6.882 -5.338 6.560 1.00 0.00 P
ATOM 33 OP1 RA 2 7.505 -5.970 7.750 1.00 0.00 O
ATOM 34 OP2 RA 2 5.404 -5.201 6.610 1.00 0.00 O
TER
明らかに、これは今やっていることに比べて少し過剰ですが、覚えておくべき良い一般的なアプローチであり、関心のある分野について以前に議論した他のアプローチで発生する可能性がある問題を解決します。 。