bamファイルに動作する次のコマンドがあります
reformat.sh in=test.bam out=stdout.fq primaryonly | reformat.sh in=stdin.fq out1=r1.fq.gz out2=r2.fq.gz interleaved addcolon
ここでのアイデアは、最初のコマンド（reformat.sh）の出力をファイルに書き込まないようにすることで、全体の速度を向上させることです。
現在の作業ディレクトリに複数のbamファイルがあり、クラスタで並列に実行したいと思います。複数のbamファイルを同時に処理するときにstdout.fq/stdin.fqが互いに干渉しないように、上記のコマンドでstdout.fqとstdin.fqをどのように使用できますか？
ありがとう
ベストアンサー1
ファイル拡張子について非常に混乱しています。そのようなことはありません。 MS-DOSとCPM以降はありません。 MicrosoftのWindowsはまだそれを使用してファイルエクスプローラでタスクを実行しますが、ファイル名の一部にすぎません。
Sostdoutとはstdout.fq異なるファイルです。名前はstdoutまた/dev/stdoutありstdin、です/dev/stdin