こんにちは。以下のディレクトリがあります。
TBS890
|___________ A.ctab
TBS345A
|___________ A.ctab
TBS567C
|___________ A.ctab
すべてのディレクトリにあるA.ctabファイルからいくつかのデータを抽出したいと思います。A.ctab12列があるとします。私は6列と12列に興味があります。これを行うには、以下の作業を試しましたが、すべての情報を取得できませんでした。
awk 'FNR==1 { print substr(FILENAME,1,$NF) >substr(FILENAME,1,$NF)".tmp" }
FNR >1 { print $12 > substr(FILENAME,1,$NF)".tmp" }
NR==FNR{ print $6 >"first_column.tmp" }' TBS*/A.ctab
上記のコマンドが示すように、$NFこれはですFILENAME。これが間違っていることを知っているので、誰でも私を助けることができます。
上記の例では、2 つのディレクトリは文字 an で終わりますが、1 つのディレクトリはそうではありません。最後までこの名前を得るために私は何を捧げなければならなかったのだろうか。
t_id chr strand start end t_name num_exons length gene_id gene_name cov FPKM
1 1 - 10060 10614 MSTRG.1.1 1 555 MSTRG.1 . 0.000000 0.000000
2 1 + 11140 30023 MSTRG.10.1 12 3981 MSTRG.10 . 2.052715 0.284182
3 1 - 11694 29342 MSTRG.11.1 8 6356 MSTRG.11 . 0.557588 0.077194
4 1 + 11869 14409 ENST00000456328.2 3 1657 MSTRG.10 DDX11L1 0.000000 0.000000
5 1 + 11937 29347 MSTRG.10.3 12 3544 MSTRG.10 . 0.000000 0.000000
6 1 - 11959 30203 MSTRG.11.2 11 4547 MSTRG.11 . 0.369929 0.051214
7 1 + 12010 13670 ENST00000450305.2 6 632 MSTRG.10 DDX11L1 0.000000 0.000000
8 1 + 12108 26994 MSTRG.10.5 10 5569 MSTRG.10 . 0.057091 0.007904
9 1 + 12804 199997 MSTRG.10.6 12 3567 MSTRG.10 . 0.000000 0.000000
10 1 + 13010 31097 MSTRG.10.7 12 4375 MSTRG.10 . 0.000000 0.000000
11 1 - 13068 26832 MSTRG.11.3 9 5457 MSTRG.11 . 0.995280 0.137788
A.ctabすべてのファイルからt_name並置を抽出し、FPKM新しいファイルを作成したいと思います。新しいファイルでは、列FPKMはサンプル名でなければなりません。次のようにする必要があります。
t_name TBS890 TBS345A TBS567C
MSTRG.1.1 0 0.028181 0
MSTRG.10.1 0.284182 0.002072 0.046302
MSTRG.11.1 0.077194 0.685535 0.105849
ENST00000456328.2 0 0.307315 0.038961
MSTRG.10.3 0 0.446015 0.009946
MSTRG.11.2 0.051214 0.053577 0.036081
ENST00000450305.2 0 0.110438 0.040319
MSTRG.10.5 0.007904 0 1.430825
MSTRG.10.6 0 0 0.221105
MSTRG.10.7 0 0.199354 0
MSTRG.11.3 0.137788 0.004792 0
ベストアンサー1
t_nameすべてのファイルの行数が等しい場合は、以下を試してください。
$ awk '
FNR == NR {print $6 > "COL1.TMP"
}
FNR == 1 {FN = FILENAME
sub (/\/[^\/]*$/, ".TMP", FN)
print FN > FN
next
}
{print $12 > FN
}
' TBS*/A.ctab
$ paste -d"\t\t\t\n" COL1.TMP TBS*.TMP
そうでない場合は、joinユーティリティを考えますが、ソートされた入力が必要です。