スペースで区切られた3つのファイルがあり、約340万の行があります(ただし、行数はまったく同じではなく、「タグ」列に基づいてソートされています)。それらは次のとおりです。
head neu1
Chr BP Marker MAF A1 A2 Direction pValue N 1 100000012 1:100000012:G:T 0.229925 T G + 0.650403 1594 1 100000827 1:100000827:C:T 0.287014 T C + 0.955449 1594 1 100002713 1:100002713:C:T 0.097867 T C - 0.290455 1594 1 100002882 1:100002882:T:G 0.287014 G T + 0.955449 1594 1 100002991 1:100002991:G:A 0.097867 A G - 0.290455 1594 1 100004726 1:100004725:G:A 0.132058 A G + 0.115005 1594
head nep1
Chr BP Marker MAF A1 A2 Direction pValue N 1 100000012 1:100000012:G:T 0.2300430 T G - 0.1420030 1641 1 100000827 1:100000827:C:T 0.2867150 T C - 0.2045580 1641 1 100002713 1:100002713:C:T 0.0975015 T C - 0.0555507 1641 1 100002882 1:100002882:T:G 0.2867150 G T - 0.2045580 1641 1 100002991 1:100002994:G:A 0.0975015 A G - 0.0555507 1641 1 100004726 1:100004726:G:A 0.1325410 A G - 0.8725660 1641
head ret1
Chr BP Marker MAF A1 A2 Direction pValue N 1 100000012 1:100000012:G:T 0.2322760 T G - 0.230383 1608 1 100000827 1:100000827:C:T 0.2882460 T C - 0.120356 1608 1 100002713 1:100002713:C:T 0.0982587 T C - 0.272936 1608 1 100002882 1:100002883:T:G 0.2882460 G T - 0.120356 1608 1 100002991 1:100002991:G:A 0.0982587 A G - 0.272936 1608 1 100004726 1:100004726:G:A 0.1340170 A G - 0.594538 1608
「表示」列(3番目の列)の値が3つの元のファイルすべてに対して同じ行のみを含むneu2
3つのファイルをさらに生成する方法はありますか?nep2
ret2
出力ファイルには、初期ファイルの9列すべてを含める必要があることに注意する必要があります。
予想される出力は次の3つのファイルです。
head neu2
Chr BP Marker MAF A1 A2 Direction pValue N 1 100000012 1:100000012:G:T 0.229925 T G + 0.650403 1594 1 100000827 1:100000827:C:T 0.287014 T C + 0.955449 1594 1 100002713 1:100002713:C:T 0.097867 T C - 0.290455 1594
head nep1
Chr BP Marker MAF A1 A2 Direction pValue N 1 100000012 1:100000012:G:T 0.2300430 T G - 0.1420030 1641 1 100000827 1:100000827:C:T 0.2867150 T C - 0.2045580 1641 1 100002713 1:100002713:C:T 0.0975015 T C - 0.0555507 1641
head ret1
Chr BP Marker MAF A1 A2 Direction pValue N 1 100000012 1:100000012:G:T 0.2322760 T G - 0.230383 1608 1 100000827 1:100000827:C:T 0.2882460 T C - 0.120356 1608 1 100002713 1:100002713:C:T 0.0982587 T C - 0.272936 1608
3つのファイルそれぞれのヘッダーは、初期ファイルと結果ファイルにそれぞれ9つずつあります。
Chr BP Marker MAF A1 A2 Direction pValue N
ベストアンサー1
これは迅速で効率的でなければなりません。それはjoin
(の一部を使用しますGNUコアツール)とfield
(の一部タンゴツール):
# This finds the matching lines and makes it into a big file with 25 columns
join -1 3 -2 3 neu1 nep1 | join -1 1 -2 3 - ret1 |
# Now split the right columns
# field is https://gitlab.com/ole.tange/tangetools/-/tree/master/field
tee > >(field 2-3,1,4-9 > neu2) >(field 10-11,1,12-17 > nep2) >(field 18-19,1,20-25 > ret2)