ファイルを編集し1.txt、単語を見つけてその単語に置き換えます2.txt。2.txt
私のファイルの順序を維持することに興味があります1.txt。
>title1
ID1 .... rest of string I'm not interested in
>title2
ID2 .... rest of string I'm not interested in
>title3
ID3 .... rest of string I'm not interested in
>title....
しかし、私の情報を追加したいと思います2.txt。
>ID1 text I want to extract
>ID2 text I want to extract
>ID3 text I want to extract
>IDs....
最後に、次の構造の新しいファイルを作成したいと思います。
>title1
ID1 .... text I want
>title2
ID2 .... text I want
>title3
ID3 .... text I want
>title....
私は複数のsedコマンドを試しましたが、ほとんどは両方のファイルのID＃を完全に置き換えません。 Bashで処理できることを願っています。
ご協力ありがとうございます
試行に失敗しました。私のコードは、ファイル1 = cog_anotations.txt、ファイル2 = Real.cog.txt ID = COG05764、COG 015668などです。
sed -e '/COG/{r Real.cog.txt' -e 'd}' cog_anotations.txt
sed "s/^.*COG.*$/$(cat Real.cog.txt)/" cog_anotations.txt
sed -e '/\$COG\$/{r Real.cog.txt' -e 'd}' cog_anotations.txt
grep -F -f cog_anotations.txt Real.cog.txt > newfile.txt
grep -F -f Real.cog.txt cog_anotations.txt > newfile.txt
実線ファイル1
>Bravo_5
>CDD:223731 COG0658, ComEC, Predicted membrane metalbinding protein l
>Bravo_6
>CDD:223242 COG0164, RnhB, Ribonuclease HII [DNA replication,
>Bravo_7
>CDD:223778 COG0706, YidC, Preprotein translocase subunit YidC .
実線ファイル2
COG0006 E Xaa-Pro aminopeptidase
COG0706 J Glutamyl- or glutaminyl-tRNA synthetase
COG0164 J tRNA A37 threonylcarbamoyladenosine synthetase subunit
COG0012 J Ribosome-binding ATPase YchF, GTP1/OBG family
COG0013 J Alanyl-tRNA synthetase
ベストアンサー1
そしてawk
awk 'NR==FNR{id[$1","]=$0}
NR!=FNR{f=$0; getline; if (id[$2]) print f RS id[$2]}' file2 file1
>Bravo_6
COG0164 J tRNA A37 threonylcarbamoyladenosine synthetase subunit
>Bravo_7
COG0706 J Glutamyl- or glutaminyl-tRNA synthetase
牙
id目的のテキストで配列をロードし、他のファイルと一致するようにfile2追加,
awk 'NR==FNR{id[$1","]=$0}
2番目のファイルのNR!=FNR最初の行をつかみ、f2番目のファイルに移動します。getline
NR!=FNR{f=$0; getline;
id次に、目的の配列にあることをテストし、(id[$2])存在する場合は印刷します。
if (id[$2]) print f RS id[$2]}' file2 file1