3番目の列の形式を変更する必要があるファイルがあります。
以下は.gtfファイルのサンプル行です(タブで区切られています)。
chr1 CAT gene_id=RP11-54O7.16;transcript_id=ENST00000607769.1-1;
chr1 CAT gene_id=RP11-54O7.16;transcript_id=ENST00000607769.1-2;
等号を削除し、次のように遺伝子名と成績表名の周りに引用符を入れる必要があります。
chr1 CAT gene_id "RP11-54O7.16";transcript_id "ENST00000607769.1-1";
chr1 CAT gene_id "RP11-54O7.16";transcript_id "ENST00000607769.1-2";
これがawk
私がorで達成できることですsed
か?私の主な問題は、最後の列に引用符を複数回挿入することです。
ベストアンサー1
このように:
sed 's/=/ "/g; s/;/";/g' file.gtf
または
sed -e 's/=/ "/g' -e 's/;/";/g' file.gtf
chr1 CAT gene_id "RP11-54O7.16";transcript_id "ENST00000607769.1-1";
chr1 CAT gene_id "RP11-54O7.16";transcript_id "ENST00000607769.1-2";