guixシステムの再構成前にsudoを追加するとどうなりますか？

いいえ、システムは1つだけです。どちらも、システム構成の現在のバージョンを指すシンボリックリンクが最後に変更されるまで正常に機能します。一般ユーザーはこのシンボリックリンクを変更することは許可されておらず、アップグレードが失敗するため、sudoを使用してコマンドを実行してください。