slurmスクリプトでバックグラウンドオプションでwgetを実行できないのはなぜですか?

slurmスクリプトでバックグラウンドオプションでwgetを実行できないのはなぜですか?

このスクリプトを使用してファイルをダウンロードします。それ以外の場合は、-bファイルwgetを1つずつダウンロードしてください。これにより、-bバックグラウンドで同時にファイルをダウンロードできます。残念ながら、このスクリプトはSLURMでは機能しません。 Slurmでのみ動作しません-bでした。

ファイルをダウンロードするスクリプト

#!/bin/bash

mkdir data
cd data
for i in 11 08 15 26 ;
do
  wget -c -b -q ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR116/0${i}/SRR116802${i}/SRR116802${i}_1.fastq.gz 
  wget -c -b -q ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR116/0${i}/SRR116802${i}/SRR116802${i}_2.fastq.gz
done

cd ..

泥スクリプト

#!/bin/bash

#SBATCH --job-name=mytestjob     # create a short name for your job
#SBATCH --nodes=2                # node count
#SBATCH --ntasks=2               # total number of tasks across all nodes
#SBATCH --cpus-per-task=2        # cpu-cores per task (>1 if multi-threaded tasks)
#SBATCH --mem-per-cpu=4G         # memory per cpu-core (4G is default
#SBATCH --time=10:01:00          # total run time limit (HH:MM:SS)
#SBATCH --array=1-2              # job array with index values 1, 2

#Execution

bash download.sh

ターミナルから:(sbatch slurmsript.sh役に立たない)no jobid

ベストアンサー1

一連のジョブを使用すると、ファイルを同時にダウンロードできます(各配列ジョブがダウンロードされます)。 wgetをバックグラウンドに入れる必要はありません。実際、私の経験によれば、バックグラウンドでプロセスを開始してslurmスクリプトコマンドラインを「解放」しようとすると、slurmサブミットスクリプトの実行が完了するとslurmはジョブを終了します(ただし、ジョブはまだ実行中の可能性があります)。背景)。だからこれはあなたが望む見通しと泥です!

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