私のファイルへのシンボリックリンクを作成したいです(合計350ファイル)
cd ./my_files
PD26400a.fixedheader.hs37d5.cram
PD26400a.fixedheader.hs37d5.cram.crai
...
my_filesディレクトリ(列2)の各ファイル名が前の名前(列1)と一致するテキストファイルがあります。
SAMEA3471108.fixed.GRCh37d5.cram PD26400a.fixedheader.hs37d5.cram
SAMEA3471108.fixed.GRCh37d5.cram.crai PD26400a.fixedheader.hs37d5.cram.bai
SAMEA3471112.fixed.GRCh37d5.cram PD26400b.fixedheader.hs37d5.cram
SAMEA3471112.fixed.GRCh37d5.cram.crai PD26400b.fixedheader.hs37d5.cram.bai
シンボリックリンクを作成してこの出力を取得したいです。
SAMEA3471108.fixed.GRCh37d5.cram -> PD26400a.fixedheader.hs37d5.cram
SAMEA3471108.fixed.GRCh37d5.cram.crai -> PD26400a.fixedheader.hs37d5.cram.bai
SAMEA3471112.fixed.GRCh37d5.cram -> PD26400b.fixedheader.hs37d5.cram
SAMEA3471112.fixed.GRCh37d5.cram.crai -> PD26400b.fixedheader.hs37d5.cram.bai
どうすればいいですか?
ベストアンサー1
今2つの列があるので、awkを使ってみましたか?
echo 'SAMEA3471108.fixed.GRCh37d5.cram PD26400a.fixedheader.hs37d5.cram' | awk '{print $1, "->", $2}'
SAMEA3471108.fixed.GRCh37d5.cram -> PD26400a.fixedheader.hs37d5.cram
次のようなものを使用できます。
awk '{ system("ln $1 $2") }